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因此孙传庭让李国助和钟斌继续按照郑芝龙的吩咐行事，随另外几路船队一起行动，然后找准时机，消灭其中一路。
郑芝龙的舰队共有大小船只一千余艘，郑芝龙率领的是主力舰队，有船三百余艘，其余四路每路两百余艘，而李国助和钟斌两人只有六十余艘船，
以六十对二百，正常情况下肯定是打不赢的，但是如果其中一路进攻失利，兵力损失较大的话，李国助和钟斌突然反戈一击，那就可能击败一路船队。
孙传庭要求的不高，只要能俘获二十来艘中型舰船，孙传庭就满足了。
孙传庭的打算是，如果能俘获二十来艘中型船，那么他就可以丢掉没有多少战斗力的小船，组成一支四十余艘以中型船为主的舰队，把这些船全部安装上新式火炮之后，再加上李国助和钟斌的船队，孙传庭就可以达到一百余艘舰船，这时孙传庭就有了跟郑芝龙叫板的实力。
孙传庭知道自己在海战方面还是一名新丁，在没有把握之前，孙传庭不想冒任何风险跟郑芝龙在海上交战，不给郑芝龙任何消灭自己的机会。
为此，在郑芝龙夜袭澎湖的时候，孙传庭命令所有的船只隐藏起来。
不过在得知林士杰的战果之后，孙传庭知道自己稳过头了。
郑芝龙两次进攻共计损失了两千余人，对于郑芝龙的总兵力来说，损失这点人手算不了什么，但是郑芝龙是坐船来的，一下子减员这么多人，有的船只水手就不够用了，尤其那些小船。
一艘小船一般只有十到二十名水手，这些小船也没有安装火炮之类的武器，它的最大用处就是跟大船作战时，抵近放火。
当年料罗湾海战，郑芝龙就是利用小船目标小，速度快，不易被大船攻击的特点，靠近敌舰点燃，一举击溃荷兰军的主力战舰，最后取得料罗湾海战的胜利。
战后，荷兰军之所以答应郑芝龙的条件，不敢跟郑芝龙继续作战，就是惧怕郑芝龙这种战术。
小船在海战时，属于消耗品，损失了并不可惜，但是因为人员不足，无法操纵小船，最后舍弃，这样损失郑芝龙是不愿意的。
而且不光是小船，还有一部分中型船，也出现了人手不足的问题。船上人手不足，战斗力自然大减，如果孙传庭在郑芝龙退兵的时候率领船队突袭一下，再俘虏一些船只是没有问题的。
可惜由于孙传庭太过求稳，把船只隐藏起来，等他得知战况之后，再想率船突击已经来不及了。
不过这样孙传庭已经很满足了，郑芝龙撤退时舍弃了四艘搁浅的中型船，还有十余艘小船，这个战果不可谓不丰盛。
一下子俘虏了这么多船，孙传庭马上发现一个问题，那就是他也没有足够的人手来操纵这些船。
没人开船，那这些船就成了摆设，孙传庭只好把主意打到了那些伤兵的身上。
这时，林士杰已经把战场打扫完毕，战果也统计出来，此战共消灭郑芝龙部一千八百余人，其中直接死亡人数为八百余人，重伤四百余人，轻伤五百余人，无伤的俘虏近一百人。
得知这个战果孙传庭大喜，当即命军医给那些伤兵治伤，然后让林士杰劝降这些士兵。
这些伤兵虽然跟随郑芝龙很久，不过现在毕竟有了正经出身，很多人并不愿跟郑芝龙造反，听闻官军劝降，毫不犹豫地便投降了。
有了投降的俘虏加入，孙传庭马上整顿舰队。把这些俘虏分配到各船担任水手，原来的水手解放出来以后担任战斗人员。
这样安排，对俘虏不放心是一方面，主要是这些人根本不会使用新式武器，不会使用武器，等于是没有战斗力。
孙传庭可不会干接舷战那样的战法，有便携炮和步枪这样的中程和近程武器，他也用不着跟敌军接舷战。
分配完降兵之后，剩下就等涨潮了，涨潮以后搁浅的船只被开到岸边，重新安装火炮。
不过当孙传庭跟林士杰提出把布防的重炮安装到船上的提议却被林士杰拒绝了。
林士杰的理由是，他虽然暂时归孙传庭统属，但却是孙猛的部属，征调他的武器没有孙猛的同意是不行的。
另外，澎湖距台湾只有八十里左右，驻台湾的荷兰军只需一个多时辰便可过来。一旦荷兰军攻岛，岛上没有重炮，根本无法防御。
（注：当时西方帆船的速度可达十节以上，而郑芝龙的船航速最高为七节。一节为一海里，一海里等于1。852公里，一小时十节，即十八公里多一点，澎湖距台湾最近的距离为四十公里，按照十节的速度，只需两个多小时便可抵达。）
听林士杰据理力争，孙传庭自不会以官职强压，林士杰是孙猛的部下，而且孙猛栽培林士杰的意图十分明显，孙传庭现在需要孙猛配合他作战，自不愿因武器跟孙猛闹翻。
而且就算林士杰愿意把重炮给孙传庭，数量也不够。澎湖的重炮只有三十门，这还是孙猛见澎湖孤悬海外，特意多给了十门重炮。
这次俘虏了四艘中型船，每艘船有十个重炮炮位，岛上这三十门炮全部给他还差了十门炮。
另外，郑芝龙的火炮跟李景设计的火炮型号不一样，船上的炮位要安装新式火炮需要做出很大的改动才行，而在岛上只能临时安装，最终还得到船厂重新改动炮位。
在福建，能够改动炮位的船厂只有郑芝龙在老家石井乡建造的船厂。现在这个船厂已经被刘二愣的人控制起来，孙传庭需要到船厂改动炮位，完全没必要把澎湖的重炮带走。
新增了四艘中型舰船，孙传庭自然想尽快令新船投入战斗，把岛上的事务全部交给林士杰，又叮嘱了一番应该注意的事项，孙传庭当即率领船队返回福建。
澎湖距离福建近四百里，孙传庭的舰队全速航行要大半天才能到达。
当孙传庭的舰队赶到金门岛之时，却见海边一片狼藉，无数船板，死尸在海上漂浮，显见这里刚刚发生了一场惨烈的战斗。
见此情景，孙传庭大惊。
金门岛地理位置极其关键，一旦金门丢失，则泉州，漳州两府几个出海口尽在郑芝龙的攻击范围之内，郑芝龙随时随地可以从金门出兵攻击这些地方。而朝廷的舰队无法跟郑芝龙抗衡，灭不掉郑芝龙的船队就没有办法攻击金门的驻岛部队。
说实话，孙传庭一直没想明白金门这么重要的地方，郑芝龙为什么会轻易放弃，孙传庭相信金门岛原先驻守的人一定是郑芝龙最得力的亲信。
唯一的解释就是郑芝龙并不想造反，当朝廷派人就任金门守备的时候，郑芝龙的人不敢违背朝廷的命令。
眼见岛外沿海一片狼藉，而岛内却悄无声息，孙传庭大急，这时哪里还顾得上到石井船厂改装船只，先弄清金门的状况要紧。
孙传庭急命舰队向金门岛靠近，并作出攻击之势。
不过当孙传庭的舰队接近金门岛不久，就从千里镜看到岛上有官兵在岸边布防，孙传庭一颗心这才放了下来。
既知金门岛尚在掌握之中，孙传庭当即下令士兵登岛。
显然，在孙传庭看到岛上的官兵之时，岛上的人也认出孙传庭的旗舰，因此，岛上的官兵迅速解除警戒，并在岸边列队迎接。
等孙传庭的旗舰靠岸，从船上走下之时，金门守备肖义已经带着一众士兵列好队形。
见孙传庭下船，肖义急忙上前见礼：“卑职肖义参见督帅。
眼见肖义一脸疲惫，士兵们也是满脸倦容，孙传庭摆手止住众人行礼。
“出了什么事情？”孙传庭问道。
“回督帅，昨天郑芝龙部率船偷袭，卑职带领众兄弟跟逆贼打了一夜，今日一早，逆贼又增援了一支舰队，卑职虽予敌以重创，奈何炮弹已尽，只好放敌进岛近战。仗着武器犀利，众军奋勇，总算是把逆贼击退。”肖义说道。
孙传庭点点头，肖义虽然说得轻描淡写，但是看海边的情形，便知此仗打得定然惨烈无比。
在众士兵身上扫了一圈，孙传庭大声说道：“兄弟们都辛苦了，想来这一夜不曾休息，你们先回去歇息，我派人暂替你们布防。”
“多谢督帅体恤！”众士兵大声道。
孙传庭摆摆手，命士兵回去休息，随即吩咐船上的士兵接替防务。
见孙传庭亦是面带疲惫，肖义忙道：“督帅，请随我到守备府歇息一下吧！”
孙传庭点点头，肖义急忙头前带路。
到了守备府，肖义命人奉茶。
孙传庭接过茶杯，看向肖义道：“昨夜一战，我军损失多少？”
肖义闻听顿时黯然，沉默了一会儿方道：“金门驻军共有一千七百多人，现今只剩下不足千人了。”孙传庭默默点了点头，若不是岛上有五百人是孙猛和刘二愣调来的精锐部队，金门岛恐怕早就被攻下来了，打了一天一夜，损失不足千人，这个战损还是可以接受的。见孙传庭不语，肖义说道：“禀督帅，其实卑职能击退逆贼，并非岛上官兵之功。”