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在星矢他们成功的夺回黄金圣衣后，圣域来的刺客们全都接连袭来，在我方众人的努力下，圣域来的刺客接连败阵，这次，连白银圣斗士也要出动了。
蜥蜴座的米斯迪及天鹰座的魔玲奉命前来日本，要取星矢等人的性命。在星之子学园附近的海滩上，米斯迪向星矢袭击，他更扬言白银圣斗士与青铜圣斗士有如神和虫的分别。
魔铃为救星矢，放出空拳令星矢假死，但是却被米斯迪识破，星矢与米斯迪的一战立刻爆发。
面对着米斯迪，星矢的必杀绝技流星拳已没有作用，他反而被米斯迪的轻轻一击而倒在海中，难道他们的实力差别真有如神和虫吗？
星矢几经艰辛，终於使出新的必杀技天马彗星拳及天马回旋粉碎把米斯迪打败。
但是白银圣斗士白鲸座摩西斯及猎犬座艾斯提利昂也来到了海滩，懂得读心术的艾斯提利昂知道了魔铃已背叛了圣域，於是在海滩把魔铃打伤了。
星矢感到魔铃的小宇宙突然消失了，於是赶回海滩，看到了魔铃被绑在海中，危在旦夕。星矢为救魔铃，只好打败眼前的摩西斯。
当摩西斯预备使出最后的一击时，说出了魔铃是星矢的姐姐，因而令星矢的小宇宙急速燃烧起来，把摩西斯也击倒了。
星矢虽然不敌艾斯提利昂，但是刚被贵鬼救回来的魔铃把艾斯提利昂打败，可是她在星矢醒来的时候已经走了，只在海滩上留下了『星矢，守护雅典娜』的字句。
众人回到竞技场，艾俄洛斯终於把十三年前所发生的事说了出来。
原来沙织是每数百年转生一次的女神雅典娜的化身，当年在希腊，还是少年的他带着刚刚降生还是婴儿的雅典娜女神躲避追杀，而在这逃走的过程中身受重伤的他被正巧来希腊旅行的城户光政所救，为了躲避追杀，最后被城户光政带回了日本。
————此时，圣域方面————
教皇眼见众多圣斗士都被星矢等人打败，终於连圣斗士之中最高级的黄金圣斗士也召来了。
天蝎座的米罗奉召到来，得知十二件黄金圣衣的秘密，虽然万般不愿意，但是都接受了教皇的命令，去把星矢等人消灭。
不过，为了补偿哥哥艾俄洛斯的罪行，狮子座的艾欧里亚自动请缨，在教皇的批准下前赴日本。
星矢回到了日本，但是因为体力未曾回复，所以被安排到疗养院休养，但是莎尔娜再次要取星矢的性命。
原来当星矢在圣域修业时，无意中看到莎尔娜善良的真面目，这是对女性圣斗士的侮辱，所以她常常袭击星矢。
当莎尔娜继续向星矢攻击的时候，远处突然有一股强大的小宇宙向他们二人袭击，原来艾欧里亚已从圣域赶来，并出现在两人面前。
莎尔娜因为知道艾欧里亚的厉害，叫星矢先走，自己则向艾欧里亚出拳，不过艾欧里亚只用一只手指便把莎尔娜击倒。
星矢接着使出流星拳，但对拥有光速动作的黄金圣斗士完全没有作用。当艾奥里亚使出光速拳要解决星矢的时候，莎尔娜突然用身体硬挡了这一拳。
性命垂危的莎尔娜终於向星矢道出追杀星矢的原因。原来女性圣斗士被看见真面目后，只有两种做法，一是把对方杀掉﹔一是深爱着对方，莎尔娜到这时终於明白到自己已深爱着星矢。
艾欧里亚被莎尔娜的爱所感动，决定先带莎尔娜回圣域疗伤，但是教皇派出监视艾奥里亚的三名白银圣斗士现身，向星矢攻击。
突然，人马座黄金圣衣不知从何而来，穿在星矢身上，瞬间把三名白银圣斗士打败。
艾欧里亚看到人马座黄金圣衣的出现，并穿在星矢的身上，自然不会就此罢休，战斗随之展开。
星矢无论怎样努力，也不能打败艾欧里亚，相反，艾欧里亚的闪电光速拳令星矢毫无还手之力，连赶来的冰河及瞬也被击晕。
这时，沙织以女神的身份出现，向艾欧里亚说明十三年前的故事。
十三年前的一过晚上，教皇原本要把年幼的沙织杀掉，幸好得艾俄洛斯相救，带着射手座圣衣逃出圣域，更在途中不幸受到重伤，而后被冠上叛徒的罪名。
由於没有实在的证据，艾欧里亚还是半信半疑，最后艾俄洛斯的灵魂出现并帮助星矢把光速拳推回去，终於令到艾欧里亚觉悟，立时发誓效忠雅典娜，并带莎尔娜回圣域，找教皇了解真相。
在众人注意力都在别处的时候，一个小小的光团从星矢穿着的射手座圣衣上离开并漂浮走了。
————城户宅————
‘回来了吗。’
莲‘看’着穿过窗户飘进房间内的小小光团，这个小小光团正是从星矢穿着的射手座圣衣上飘走的那个。
‘快点回到你的身体里吧。’
莲对着小小的光团‘说’道。
小小的光团像是听懂了莲的话一样，飘到正横躺在沙发上沉睡的男子身体上方，此时躺在沙发上的男人不是别人正是艾俄洛斯。
小小的光团‘飘’进了艾俄洛斯的身体、融入了进去，没过一会，沉睡的王子睁开了眼睛。
“非常感谢，莲大人，帮我这个忙。”
‘只不是用积尸气冥界波帮你把身体和灵魂分离，再让其附身在圣衣上，不用那么谢我。
但是，这么做还是太危险了，要不是看在你决心已定的份上，我才会帮你的，但是只要你露出一丝犹豫，我就不会帮你的。’
“再次感谢，莲大人，同意我这么任性的要求。”
‘不用再谢了，但是宁可用这种方式也不去见艾欧里亚自己的亲弟弟，不让他知道你还活着，这样好吗？’
“嗯，现在见面还不是时候，艾欧里亚已经成为了一名出色的圣斗士了，我相信他会理解此时此刻我的做法的。”