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经过熊廷弼几个月下来的整顿，辽沈守备已大为牢固了。努尔哈赤见辽沈无隙可乘，便移兵去攻叶赫。
天命四年、万历四十七年（1619年）八月，努尔哈赤发兵攻打叶赫。纳林布禄已于1609年病死，此时叶赫贝勒危纳林布禄的弟弟金台石。
金台石闻满洲军将到城下，忙集兵保守东城，并知照西城贝勒布扬古赶紧守御，互相援应。布扬古乃是布寨之子。
不几日后金军已到，直逼东城，一攻一守，两不相下，努尔哈赤虽然很有军事才能，但金台石也不弱。恰逢西城贝勒布扬古遣军来援，被努尔哈赤分兵杀败，追至城下，围住西城，东城守兵，见后金军已去了一半，略一放松，不防后金军已缘梯而上，城上急掷矢石，已然来不及，反被后金军残杀多人，未死的守兵，统下城逃走。
金台石闻城已被陷，登台死守，并纵火自焚屋宇。无奈后金军蜂拥前来，一齐杀入台中，金台石冒死突围，猛被一箭射倒，被后金军擒拿而去。
东城已破，努尔哈赤入城升帐，由军士推上金台石。金台石怒气勃勃，语多不逊，惹得努尔哈赤性起，喝令枭首。但听金台石厉声道：“我生前不能抗后金，我死后无知则已，死若有知，定不使叶赫绝种，将来无论传下一子一女，总要报此仇恨。”话未必而首已落。努尔哈赤令多尔衮拾起金台石首级，挑在竿上，往西城招降。
西城贝勒布扬古，是布寨的儿子。我们前面说过，当时纳林布禄为了求和，将布寨的女儿献与努尔哈赤为妃，布扬古听说东城已破，再加上后金军拿金台石的首级，示作榜样，威吓利诱，便与其弟布尔杭古遣使请降，并请围住西城的代善与多尔衮立誓不杀。代善同意，并与布扬古及其母盟誓，布扬古终于决心投降。
然而，布扬古还是在被引见努尔哈赤之后遭缢杀。其弟布尔杭古则在定旗制后，隶正红旗，授三等副将。西城一降，标志着叶赫彻底灭忙。
明神宗闻叶赫城破，命给事中姚宗文亲至塞外寻找叶赫子孙加以抚恤。亦有明朝大臣奏请为金台石、布扬古立庙。
1620年，万历四十八年，泰昌元年，后金天命五年。朱翊钧驾崩于弘德殿，年五十八。庙号神宗，谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，葬十三陵之定陵。由长子朱常洛继位，是为明光宗。正常先皇驾崩当年是不改年号的，但由于明光宗朱常洛当年死于“红丸案”，所以这一年也是泰昌元年。
朱翊钧在位四十八年，万历朝的前十年，在幼年朱翊钧的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，经济状况也大为改善。比如在位期间推行的万历新政。在经济领域方面的清丈全国田亩及推广“一条鞭法”。
朱翊钧亲政后，主持了着名的“万历三大征”。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动；分别为李如松（李成梁长子）平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役、李如松，麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土。
不过在明朝后期官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。
熊廷弼守辽期间，人民安堵，鸡犬不惊，偏偏神宗光宗，相继晏驾，明熹宗继位，用了一个太监，名叫魏忠贤。
万历四十八年、泰昌元年、后金天命五年（公元1620年），明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛在一个月内先后驾崩，朱由校即位，是为熹宗，次年改元天启。
这一年，一个人，应该说是一个阉人悄悄登上了历史的舞台，他就是大太监魏忠贤。魏忠贤搅乱朝纲，结党营私，嫉忌忠臣，熊廷弼也深受其扰，因此无法再安心职守辽沈了。
这一切还要从一个叫姚宗文的人说起，姚宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给明光宗以后都被放置几年，不予批准，姚宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。
姚宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。熊廷弼为人正直，没有随从他，姚宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，后姚宗文至辽东检阅军马，姚宗文白面书生何知军务，只知索贿，与熊廷弼议事，大多意见不一。
泰昌元年（1620年）八月，当时明神宗方死，明光宗即位。努尔哈赤进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过贺世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。吏科给事中姚宗文的机会来了，开始在朝廷里腾舌诽谤，与刘国缙一起进宫上书进言。说辽地疆土日见减少，诋毁熊廷弼废弃大家的计谋，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”
明光宗只当了一个月的皇帝就驾崩了，明熹宗即位，这时姚宗文依附魏忠贤，擢升都御史，官至吏部给事中。又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使熊廷弼去职不可。
御史顾慥首先起来，弹劾熊廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。
明熹宗把弹劾奏章发给朝臣议论，熊廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。熊廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，熊廷弼又拜本辞职，朝廷终于决定准许熊廷弼去职，用袁应泰接替了他。
袁应泰字大来，凤翔（今属陕西宝鸡）人，东林党人，于万历二十三年（1595年）中进士，授临漳知县，曾筑长堤四十余里，扞御漳水，后曾升任巡抚。
1620年10月，熊廷弼被罢官，袁应泰代理经略，袁应泰精明能干，但用兵非其所长，规划也不周密，熊廷弼在边防时，执法严格，部队军纪整肃，而袁应泰失之以宽，而且更动了往日的规章制度。
时值蒙古各部遭大灾，很多灾民到关内乞讨。袁应泰说：“我若不救，他们必将投敌；我招收他们，可增加兵员。”就下令招降，于是来他部队归顺的很多。
袁应泰将他们安置在辽沈两城，有的暗中奸淫抢掠，居民深以为苦。于是众人议论纷纷，认为招降兵过多，可能暗中被敌人利用，也可能间杂着敌方间谍来日为内应，有叵测之祸。而袁应泰却以为用蒙古兵抵抗清兵而自鸣得意，不久，遇到三岔儿会战，蒙古人作先锋，其中有二十多人阵亡，袁应泰就以此为理由淡化群众议论。
后金在这一年也损失了一员大将，三月，左翼都统总兵官，一等大臣费英东卒，他有一个侄子，叫做鳌拜。
努尔哈赤起兵第六年（1588年），25岁的瓜尔佳·费英东就开始跟随努尔哈赤，历经大小几十战，攻打抚顺时曾高喊“我建州没有败退之将，只有战死之帅！”。
据说在费英东病危时，太阳向西坠落，风起云涌，霹雳震天，炸雷、闪电、暴雨、冰雹聚降，不一会雨过天晴。太祖努尔哈赤听到费英东逝世的恶讯放声恸哭，要亲自去灵堂吊唁，各位贝勒劝慰太祖努尔哈赤。太祖努尔哈赤说道：“我的辅佐大臣，与我同生死，共患难。今日死在我前面，我怎能不悲伤？”于是，太祖努尔哈赤前往费英东灵堂，痛哭流涕，直至半夜时分才返回皇宫。这年秋天的九月，太祖努尔哈赤祭奠贝勒穆尔哈齐墓，行走到郊外，经过费英东墓时，躬身为费英东奠酒三杯，声泪俱下。