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接下来的1853年8月，贝尔默的舰队又出现在日本九州鹿儿岛附近洋面上。
之所以出现在鹿儿岛而非长崎或者江户，纯粹是因为一场风暴。贝尔默不得不临时靠近鹿儿岛。
统治鹿儿岛的萨摩藩对欧洲人并不陌生，但基于锁国政策，他们并不能正大光明的与欧洲人交往。但与朝鲜人不同，萨摩藩并未以海军阻拦，而是告知德国舰队在偏远处下锚，并且送了一些补给。
贝尔默觉得日本人挺好打交道，但不过他并不了解日本人的官场规矩，就试探着请日方人员转达他希望拜谒日本统治者。萨摩藩与幕府向来关系不睦，而私下接待欧洲人又是违规行为，日本人当然表示拒绝，并请贝尔默自行前往江户。因为鹿儿岛并不是贝尔默此次访日的目的地，所以他也只好作罢。正当贝尔默悻悻的准备离开时，日本人又传来消息，萨摩藩藩主岛津齐彬想会见他。
时年五十四岁的岛津齐彬出生于江户城的萨摩藩邸，十二岁时受立为世子。因曾祖父、萨摩藩第八代藩主岛津重豪的影响，从小对西洋科学有浓郁的兴趣，对曾祖父广为收集的西洋用品，例如钟、乐器、望远镜、显微镜和武器等爱不释手。他熟悉拉丁语，曾利用日语转换罗马字的方法发明了一套个人密码。但这与曾祖父如出一辙的“兰癖”也使藩内的财政出现了极大的困难。因为与兰学有关的研究及现代军工产业的创办会耗费大量资金，岛津重豪挥金如土的作风便使萨摩藩濒临破产的边缘，藩债总额高达五百万两之多。好不容易通过延期偿债、走私交易、砂糖专卖等政策，使藩库恢复盈余，但仍然处在破产边缘。
齐彬之所以想见贝尔默，是因为他从传话的人口中知道了这些人是德国人，而有一位德国人对他产生了巨大的影响。
他的祖父重豪曾介绍齐彬认识著名的日本博物学家，德国籍的兰医菲利普·弗朗兹·冯·西博尔德。西博尔德是齐彬唯一见过的欧洲人，也使齐彬成为少数亲身接触过欧洲人的日本人之一，齐彬甚至还会一些德语。
贝尔默立即答应了会面，并在一个深夜，在自己的座舱里接见了岛津齐彬。
当齐彬登上蒸汽船时，他完全被这艘在欧洲也是最先进的战舰迷住了。他走的很缓慢，几乎是摩挲着战舰每一处才来到贝尔默的座舱。
看到这个与西博尔德长得很相似的德国人，齐彬笨拙的用德语打了句招呼，然后在贝尔默热情的邀约下坐了下来。
俩人在翻译的帮助下聊了很多事。先是贝尔默介绍了他访问日本的目的，又回答了齐彬很多出于兴趣的关于德国的问题。最后齐彬提出两个请求，其一是希望贝尔默能够帮助他与西博尔德重逢，其二是能够帮助萨摩藩解决一下财政问题。
1828年，西博尔德按当时幕府对欧洲人的要求，从长崎到江户进行江户参府。在这数月的幕府旅程中，西博尔德不仅收集到许多植物、动物和文物，还拥有了日本的地图。当这些东西数量太多时，它们被送往了长崎。但其中的地图被日本当局发现了，拥有地图是被严格禁止的，西博尔德随后被控叛国罪并被指为俄罗斯间谍。经过一段时间的软禁——在此期间西博尔德的许多人际关系均被调查——之后，1829年他被驱逐出日本，并被命令不得再次进入该国。
这件事并不难答应，贝尔默立即应允了下来。至于萨摩藩的财政问题，贝尔默更感兴趣。他虽然不是行政官出身，但作为莱茵的高级官员，对工商业发展耳濡目染，多少知道岛津齐彬的请求是德国的投资和贸易机会。
他简要介绍了莱茵东印度公司和莱茵工业的状况，表示如果萨摩藩能解决日本目前锁国的状态，德国将全力支持萨摩的经济。
此时倒是岛津齐彬犹豫起来，表示还要考虑下。随后他向贝尔默道别离去。
莱茵舰队继续西进，数天之后，到达江户外海。
此时，是日本的嘉永六年，刚刚经历“黑船来航”。
就在贝尔默抵达江户的前一个月，美国海军准将马休·佩里率舰队驶入江户湾浦贺海面，他带着美国总统米勒德·菲尔莫尔的国书向江户幕府致意。
佩里率领的四艘舰船——密西西比号巡洋舰、萨斯喀那号巡洋舰、萨拉托加号炮舰和普利茅斯号炮舰——一共载炮六十三门，1852年11月24日由美国东岸诺福克出发，横渡大西洋，经地中海，穿越苏伊士运河进入印度洋，1853年5月4日到上海，5月26日到琉球国，7月8日到浦贺。这些船只由于船体被涂上有防止生锈的黑色柏油，而被日本人称为“黑船”。佩里要求将美国总统的国书递交日本官方。
黑船的出现给日本带来莫大的骚动，当晚江户城一片混乱。
当时日本民间流传着一首狂歌，对此事件有描述：“上喜撰唤醒太平梦，喝上四杯便再难眠。”
德川幕府不敢拒绝美国的要求，时值幕府将军德川家庆重病，幕府老中阿部正弘以此为由称需要更多时间做决定。由于佩里还有其他要事而没有轻易动武，但佩里预告他一年后还会再来，随后率舰绕航江户湾；7月17日，舰队离开江户，返回上海。十天后，德川家庆病逝。
所以当德国舰队又一次驶入浦贺的时候，日本人虽然吃了一惊，但也没太过慌乱。当然他们也不敢怠慢，德国人的全钢蒸汽船在阳光下看起来银光闪闪，比美国人的木制蒸汽船更加巨大，舰载炮更威风。于是这次事件也被日本人称作“白船来航”。
基于上个月对西方人的各种紧急讨论，此时的新幕府将军德川家定几乎没有犹豫就接见了贝尔默。随后双方很顺畅的谈定了一些基本约定，并在横滨港签署了一份与类似的。
贝尔默带着条约满意的返航。在路过鹿儿岛时，他稍事停留，登岸与岛津齐彬做了一番密谈。
这番密谈源自贝尔默的一个想法。
访日期间，贝尔默通过此处清国商人了解到萨摩藩与幕府之间貌合神离的关系。他想到当年宋插通过分化瓦解泰国、越南两大势力，成功控制中南半岛的旧事。考虑到萨摩藩更加开放，也具备相当的实力，所以贝尔默决定依样画葫芦，希望通过分化萨摩藩与幕府关系，获取德国在日本的话语权。
贝尔默热情的邀请萨摩藩与德国形成单独的经济、政治关系，岛津齐彬对德国人的特别关注也很重视，于是俩人很快便形成共识。岛津齐彬还特别派了几名年轻人随贝尔默前往清国，参访德国在清国的各种投资和建设。这些年轻人中，包括福泽谕吉、西乡隆盛、大久保利通等人。