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历史按照原来的轨迹运行，王重阳最后还是把经书交给周伯通。
王重阳死后，欧阳锋来抢夺经书，这回不是王重阳假死打伤他，而是林轩一掌将欧阳锋打飞，镇住他，并告诉欧阳锋二十年内不准踏进中原半步。
王重阳死后，在林轩的见证下，马钰登上掌教之位，林轩做起了太上长老。
全真教的强大和传承不是林轩一个人努力能完成的，为了保证即使林轩不在，全真教也有高端武力威震武林和中端武力支撑门派，林轩根据佛道儒三家典籍和全真教的武功，创出了并整理全真教的武功。根据九阴真经中的易经锻骨篇和少林寺的易经洗髓功，林轩创出了全真教的脱胎换骨功。这套功法是专门给马钰七人准备的，他们半路出家，错过最好的练武时期，经脉根骨大多都已定型，需要洗精伐髓。内功方面为了弥补全真教内功前期修炼不突出的缺点，林轩根据自己上世的武功秘籍和全真功法，创出了新的全真功法，此法共十二层，分别对应了三流，二流，一流和绝顶。掌法共三套:三花聚顶掌，无相掌和天罡三十六路掌法。剑法:七星七杀剑，此剑法是根据天罡北斗阵创出来的，全力施展出来不弱于阵法的威力。剑法一气化三清。
当武功创出来的时候，周伯通缠着林轩说道:“师父，你把这武功都要交给我，好不好啊。”
这功法本就是为全真教创的，教给周伯通没有任何问题。
看见周伯通获得武功时，眉开眼笑，手舞足蹈的样子。周伯通一片赤子之心，林轩知道这也是为什么周伯通在神雕时期为什么能早一步成就先天了。
林轩又给全真教制定了三年准备八年发展十年沉淀的计划。为王重阳守孝三年，全真七子修炼全真功法辅以脱胎换骨功，三年内突破二流成就一流，掌握全真教武功，至少没人精通一套剑法和掌法。
三年守孝期已过，全真七子武功大增，马钰丘处机王处一三人已经是一流后期高手了，谭处端刘处玄郝大通是为一流中期，孙不二虽说是一流初期到也快要突破中期了。周伯通也突破一流成为绝顶高手。众人因为不仅修炼新的内功，还每人吃掉一粒林轩送给的增加功力十年毫无副作用的增功丹。
三年准备已经过去了，全真教要大力发展门派势力了，八年发展计划开始实施。
全真七子全部下山行侠仗义，扩大全真教的影响并且收徒招收门人。这一去就是三年。这三年期间周伯通早已下山，去完成王重阳的任务把九阴真经藏起来。
林轩三年无事，就教导全真教原本就有的二代弟子，只不过是没有被王重阳收徒而已。
看见这百十来人的二代弟子，林轩把王重阳创的全真内功都交给他们了，，也传了他们一些掌法剑法轻功之类的。每天早上在练武场，林轩指导他们练武，下午就让他们在后山开辟药田，去终南山采药，种在药田里。
林轩又创出了天罡三十六阵，是由三十六人组成。在这百十来人里林轩选出了三十六个武功高强的，由他们布阵，二流武者布这阵法即使是绝顶高手都未见能闯过，是以布阵的三十六人就为全真教的天罡护法。其余的人林轩还是让他们继续练武，这些人就是全真教对敌的不二人选。
三年时间一晃而过，全真七子在江湖闯下了偌大的名声，江湖人不在以王重阳来说全真教了，现在说都是全真七子了。
马钰带着三名弟子回到教中，在林轩的见证下，这三人正式的拜入马钰门下，并赐下了道号。三人都是马钰在战乱中救出来的送人，大弟子王志云年十岁，二弟子李志宏年八岁，三弟子刘志强年六岁。
自从这次回来马钰就开始要为突破绝顶高手做准备了。林轩也给马钰准备了小还丹一粒，培元丹三粒。
丘处机带着尹志平回来了，只不过是拜完师就走了，并把教导任务交给了马钰。林轩知道丘处机这是要去王府教导杨康去了，林轩不想改变杨康的命运，不然就没有神雕了。
全真七子都陆陆续续的回来了没有人离开，所有人都在等着马钰的突破，这是他们最希望最期盼的事情，只有绝顶高手才是大派的支撑者，才是门派发展不受欺负的保证。半年后马钰在林轩的小还丹帮助下，突破了一流武者，成为绝顶高手了。
成就绝顶高手后，马钰带领着师弟们再次下山，去向武林人士展示全真教的力量，并没有因为王重阳的去世，全真教就没落了。这也是马钰最后一次下山行侠仗义，为门派扩大影响和立威。两年后全真教将会大开山门广收门徒，届时会邀请武林豪杰和其他门派掌教来参观。
看见后山开辟的药田和林轩炼丹，马钰十分想学，看向林轩的目光就好像色中恶汉十几年没见过女的这回终于看见美女一样，而且和林轩说话有时还结结巴巴的，尤其是林轩炼丹的时候马钰总是去打下手。
这天林轩忍受不了马钰那让他胆寒的目光，皱着眉头说道:“马钰啊，你是不是有话想要和我说啊。”听见林轩的问话，马钰深呼吸，咽了口口水说道:“师祖，弟子仰慕您能够炼丹，所以想请师祖能够传我炼丹术。”
听见马钰的话，林轩笑着摸了摸自己的胡子说道:“就是这么点小事啊，那你怎么不早就和我说，还扭扭捏捏的，非得我问啊。”
听见林轩的话，马钰激动不已，知道林轩同意教给自己炼丹术了。不过马钰到底是掌教，很快压住自己的情绪，跪在地上像林轩拜谢道:“多谢祖师成全。”
自此之后，只要有林轩的地方就有马钰。
马钰跟随林轩炼丹，发现林轩不仅武功高强，医术精通，而且经史典籍，佛道儒三家经典都是非常了解，琴棋书画样样精通，好像就没有什么是林轩不会的。林轩身上的一切都吸引着马钰，马钰跟随林轩学到了很多知识，这让全真七子都跟在林轩的身后，听林轩的教导。
看见自己身后跟随的全真七子，林轩扶额，说道:“你们都不需要处理教务了吗？”全真七子一阵摇头。
林轩对全真七子进行了长达两年的亲身传教，众人不管武功医术还是对佛道儒三家典籍的领悟都有很大的进步。林轩也在马钰广开山门收徒的一年年前，把先天功传给了马钰，并传了三套武功作为掌门武功，只有历代掌门才可以练的，掌法为三分掌，此掌法打出来好像是有三个人一起打一样，而且掌掌俱是威力十足。还有一套是用拂尘当做武器的功法，名为拂尘三十六式，每式有十二招，可刚可柔，威力无穷，刚时可开山碎石，柔时亦能缠绵不绝。最后一套武功是为轻功，名为流云飞舞，其若仙女起舞，又有流云飞逝。
传完马钰的武功林轩想道，即使自己不在全真教，想必也会没事吧，不知道自己的命算还能不能在使用，要不试试吧。
林轩脸色不好的走了出来，小声地嘀咕:“天道不可测”。摇了摇头，林轩向众人说道:“我要闭关七天，在此期间都不要打扰我。”说完就不管全真七子就走了。留下他们面面相视不知怎么回事。
五天后，林轩把马钰叫了过来，二人在屋内带了一天谁也不知道干什么，只见马钰出来后就下山去了，一个月之后才回来。
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