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这样对峙的局面持续了百年之久，双方的科学家换了一批又一批，没有变的只有战争局面和类人类，类人类虽然有心，但是却因为超高度的科学技术，导致他们可以存活好久，甚至达到了龟的生存年限。
这样久了，很多人也就厌烦了。只是没有办法，因为是来自神灵的指挥。不过这一天，整个天地似乎多了一丝不可言明的韵味，似乎是真正的神迹在发生，所有的类人类在这一天，都像突然中电了一样，变得有点痴呆，随后又恢复了正常，只是所有人都不太一样了，他们的眼睛里似乎有了光，有了灵魂一样。
“这个大陆，似乎长大了。”郭元站在窗前，神色凝重。“主人，咖啡泡好了。”妲己恭敬的站在郭元的身后。郭元回过头看了一眼妲己，感觉哪里不太一样了，可又说不上来。“帮我联系昆新，然后你先出去吧。”“好的，主人。”妲己帮郭元接通昆新后，便低着头走出去，她的嘴角，似乎嗪着一抹微笑。“郭大教授，找我什么事啊。”昆新像他的先辈一样，不太待见这些保持着旧想法的科学家。郭元并没有理会这些“昆新，你有没有发现‘他们’有没有什么不同了。”
“能有什么不同，一些被我们操控的类人类而已。”昆新并不以为然。“如果你只有这样幼稚而且无聊的问题，那就挂了哈。”说完昆新也没给郭元拒绝的机会，就让妲己挂掉了郭元的连线。妲己这个类人类创造出来的时候就很奇怪，她可以自主分化出一个分身。当初昆北走的时候带走了一个，好方便双方沟通交流。
郭元很郁闷：希望是我想多了吧。就这样，好几年都没有发生什么事情。大陆上的类人类也没有出现什么特殊的情况。郭元也逐渐放松了警惕。这天晚上，妲己像往常一样给郭元准备了咖啡：“主人，咖啡煮好了呢。”今天的妲己，声音中带着魅惑，郭元有所察觉，可能觉得是自己多虑了，就没有想太多，轻轻抿了一口咖啡。然后放下了。
“主人，我来给您按摩一下吧。”郭元没有说话，不过轻轻的点了点头，妲己轻笑一声。走到郭元的背后，开始按摩起来，待到郭元快睡着的时候，突然感觉肚子撕裂般疼痛。有很凉的感觉。低头一看，一把刀子从背后穿过。他惊愕的回过头：“你……”妲己轻轻一笑：“主人，妲己，还没有过心呢。，您的心，借给妲己可好。”说着，妲己便把刀子从郭元的身体里抽了出来，在心口剜了个口子，一颗鲜红的心脏在里面跳着，妲己粗暴的把它从郭元的身体里扯了出来。这个美丽的少女轻声低喃：这就是心吗，妲己，没有心呢。而门外的亚瑟注释着这一切，并没有站出来阻止，捍卫他所谓的正义。而是默默的关上了门。
走了出去，他的一身铠甲，随着他渐行渐远的步伐，慢慢的染成了黑色。而相同的一幕，也在昆北的科学空间室中上演着。他们鲜血被撒向了夜空，散落在这片他们创生的大地上，至此，神明时代被终结。这个大陆真正就属于了这些被创造出来的类人类。一个新的时代正在被拉开序幕。一个少女双手搭在窗边：明天开始，就是新的一天了呢。。。
时光流逝非常，转眼间，五十年过去了，基本上，老一批的科学家都魂归故土了，像小郭这样当面年少的新生科学家如今也已是白发苍苍。“十二奇迹的进展非常慢。如今也只有六个“奇迹”得到了实行。“昆北那边怎么样了。”小郭，哦，不，如今已经是老郭教授了回过头去问站在身边的妲己秘书。“回主人，昆教授那边似乎有更神秘的力量正在形成，危险性很大。但具体的就不知道了。”“这个混蛋，真的要再把这个新大陆给毁掉吗？老郭教授恨恨的锤了下桌子。
在森罗教授去世后不久，老徐教授的弟子昆北这个新生的教授，不满足现在的科学现状。叫嚷着要寻求新的科学突破口，而以小郭为首的旧的一批科学家则害怕历史的重演，坚决不同意这种行为，于是昆北便带着所有新生的科学家去到了另一个无人区，创造了一个新的科学空间。与长安上方的科学空间相隔几百万里相对。
刚开始，还是正常的创造与研究，到后来，昆北等人因为是新生科学家，知识储备等不足，就衍生了偷取“方舟”上知识的想法。不过多次被郭教授的人阻挡在“十二奇迹之英雄战场”的边缘。因为“不死祭坛”存在于“英雄战场”的两段，刚好形成对弈的局势。双方的战斗号角在这里时常响起。
前后用了一年多的时间，太古时代在进步，这个新生的大陆上出现着越来越多的身影，有男有女，有老有少，有东方的，也有西方的，不过大体上还是以“方舟”所化的长安为核心，出现有女帝武则天，城市督察官狄仁杰，城市守护者狄仁杰，还有酒剑仙李白这样的人。其他几个地域也出现了不同的身影，比如西方的马可波罗，女战神雅典娜等等。创造这些的科学家们反而渐渐淡出了这个大陆的历史，他们带着一些具有特色的类人类比如创造不出心的妲己，和自带正义色彩的亚瑟隐藏在一个独特的空间里，进行着科学研究与对类人类进行监控。这一天，科学空间室的气氛很压抑，所有的科学家都胸佩戴白花，站在一个数字冰馆前。
棺内，躺着这批科学家中最伟大的存在：森罗教授。森罗教授走了，在这个大陆正兴盛的时候，走了，永远的离开了这个大陆。森罗生前曾留有遗言：等我死后，入冰棺，一切从简。所以“神明陨落”的消息，除了真正属于地球血统的人和妲己、亚瑟，和一些光明卫士意外，并没有人知道。这一天，新大陆生机盎然，这一天，科学空间室，一片死气沉沉。森罗生前跟其他几位顶尖的科学家，包括西方的，一起有讨论过并建立了模型，只差实际实施的“十二奇迹”，今天是第二个奇迹：“不死祭坛”的诞生，可惜森罗教授再也没办法见到了。