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方从哲再次上疏说：“臣已询问医官，得知圣体膳食减少。兼有痰喘，恳请圣上一意调养，不要过分劳累。服药尤需慎重。以往有人说治病衣服要有效为上策，以不服药保养为中策。一旦清心寡欲，则元气自固。若用药不当，其害将不可言。”方从哲一再奏请“清心寡欲”，一方面是希望皇上保养身体；另一方面也是为依阿自守，保持禄位。
皇上大病，大内是暗流涌动，宫外却是物议沸腾、斗争激化。
同属于东林党骨干的兵科给事中杨涟和御史左光斗来到了吏部找吏部尚书周嘉谟商讨宫里的情况。周嘉谟今年已经是七十四岁的老人了，一把胡子梳理的整整齐齐的，人也还算是精神抖擞。杨涟性子急，先开的口：
“周大人，禁内有奸邪作祟。圣上元配皇后郭氏之父博平候郭维城前几天入宫面见圣上，他得知了一些大内的情况，出宫以后来到朝中诉苦。他说郑太妃和西李互相紧密勾结，包藏祸心，要挟封后，并企图用女色害死皇上啊！而且郑太妃还住在乾清宫。乾清宫是天子住所，太妃住在乾清宫成何体统！”
“杨大洪，那你说该怎么办？”周嘉谟反问道。
“我们要先驱逐郑太妃，让郑太妃去慈宁宫，不要再待在乾清宫里。还要彻底断了她当皇太后的念想。”杨涟回答。
“可是如何驱逐郑太妃呢？”左光斗插话问道。
“这样吧，我们一起去找郑贵妃的侄子郑养性谈谈，郑养性为人贪便宜而又愚懦。我们只要向他许以富贵，他是不会冒险加害皇上的。郑太妃没有外戚撑腰，她也没有胆子再染指皇太后的位子。”周嘉谟回答道。
“好，我们去找郑养性吧。然后我再起草一份弹劾崔文升庸医害人的奏疏。”其后周嘉谟去找了郑养性，以谋害皇帝的罪名要挟他。郑养性果然被吓住了，乖乖的去找他的姑姑郑太妃。郑太妃无奈之下只好放弃皇太后的位子，从乾清宫搬到慈宁宫去。
郑太妃搬走，朱常洛这才正式地搬进乾清宫养病。
杨涟接连上了弹劾崔文升的奏折，他说：
“贼臣崔文升不懂医术，不应当让皇上的贵重之体充当试验品；如果他懂得医术，那么按着医术的通常道理，火气有余者，采用泻药，火气不足者，采用补药。皇上在哀悼先帝之余，日理万机，循医理医治应该清心滋补，而崔文升反而用杀伐之剂。然而外界流言不断，说陛下起居没有节制，嫔妃以美色侍奉陛下，这些流言一定是崔文升用来掩盖滥用药剂的奸计，希图掩饰外界的指摘。像崔文升这样的人，既加重了陛下的病情，又损害了陛下的声望，崔文升之肉，吃了也不解恨。臣闻崔文升在郑贵妃宫中掌管医药多年，未曾发生过误用药的事情；陛下任用他掌管医药，却如此颠倒，如果他是有意错用药剂，那么把他多位粉末也不足抵罪，倘若是无意之中用错药，岂能容许他一错再错！陛下为什么把这样的贼臣安置在自己的肘腋之下呢！”
卧病在榻上的皇帝看完了杨涟的奏疏，一言不发。刘一燝等几位大臣担心杨涟会因为这封奏疏收到面斥，甚至受到廷杖。大家都去请求方从哲设法解救杨涟，方从哲还是认为最好杨涟主动上疏谢罪，也许还能有救。
但是杨涟却不想谢罪，他说：“顶多不过一死，我并不怕。我自觉无罪，谢什么罪呢。”
八月二十三日，皇帝召英国公张维贤、大学士方从哲、刘一燝、韩爌、吏部尚书周嘉谟、户部尚书李汝华、礼部尚书孙如游、刑部尚书黄克缵、左都御史张问达、给事中范济世，杨涟、御史顾慥等到乾清宫的东暖阁说话。以杨涟的职位而言，离得被召入见还差得很远，大家都有些担心杨涟会被斥责。但是杨涟依旧坦然入见。
朱常洛亲自到东暖阁召见群臣，早早侍立在身旁的是皇长子朱由校。朱由校心里早就明白，今天召见如此多的朝廷重臣，是颇有一些临终托孤的意味。等到群臣都来了以后，皇帝开始讲话：
“今天，侍立在我身边的是皇太子朱由校，虽然还没有办典礼，但他毫无疑问是我的皇太子，是我大明的国本，诸位爱卿以后可要多多照顾他啊。”皇帝说话的时候，声音非常虚弱，手扶几案，眼睛却始终盯着杨涟。
“陛下，皇太子天资英伟，这是我大明的福气啊。”方从哲吹捧道。皇帝很高兴，方从哲也对自己的机敏暗暗高兴。
“朕在东宫感寒症，调理未愈。值先皇大丧，典礼繁多，悲伤劳累。朕不进药已两旬余，诸位爱卿勿听小臣言。”所谓“小臣言”，是指外面流传的皇帝病起于女宠。
朱常洛越讲声音越虚弱，他怕大臣听不清楚。让朱由校重复一边他的话，朱由校一五一十地重复了一遍。朱由校明白了朱常洛的用意，父皇是想让他牢牢记住他的话来保护他的名誉。
皇帝都自称自己是万民拥戴的“圣人”、“天子”，如果说是被人用药害死，那就是死于非命，这是他们最忌讳的。皇帝说这番话是很费心机的，用意就在于此。他明明一直召医官看病服药，现在却当着各位大臣的面，硬说他已二十多天没有吃药，目的就是为了证明：第一，他的病由来已久，非为药物所误，与医官无关；第二，他的病源也不是多欲导致的。
“还有一个谕令，我要册立李选侍为皇贵妃。”皇帝的话刚说完，东暖阁出现了一个不速之客。西李闯进东暖阁当着各位大臣的面把朱由校拉到门外说话。
“你跟你父皇说，册封我为皇后，听懂了没有？”西李恶狠狠得对朱由校说，而且用手狠狠点了他额头一下。
“知道了。”朱由校装作胆小的说。说完，西李又粗暴的把朱由校推进东暖阁。
“父皇，李娘娘想当皇后。就立李娘娘为皇后吧，她说她一定能成为像武曌那样优秀的皇后。”朱由校假装很随意的对皇上和众位大臣说话，臣子们听到‘武曌’这两个字，脑袋像被雷击一般。
“册封皇贵妃这件事还是算了吧。”朱常洛觉得还是不妥，他回答道。
西李又进门粗暴的把朱由校拉走，当场照脸上给了两个响亮的耳光，说：“你胡说八道什么，我以前真是白疼你了。”说完她就气呼呼的回宫去了。群臣愕然，稍事停留便叩首出宫。
朱由校的脸上火辣辣的，不过他已经可以确信大臣们在未来，如果发生权力角逐，会支持自己，而不是西李。皇帝的身体一天不如一天，他需要做的就是等待而已。
又过了六天，八月二十九日清晨，鸿胪寺丞李可灼带着一个盒子来到内阁。鸿胪寺丞李可灼是个五十开外的老人，他面形清癯，举止飘逸，有点道骨仙风。内阁首辅方从哲和大学士韩爌在处理国家机务。李可灼看着两位阁老，一脸谄媚地说：
“首辅大人好，韩大学士好。听说皇上身体病重，下官李可灼这有红丸仙丹，可使皇上身体康健，延年益寿。”
韩爌把手里的文件狠狠地往桌上一掼，怒气冲冲地说：“圣上前段时间就被崔文升那个庸医治的死去活来，如今你又不知从何处弄来什么莫名其妙的仙丹、红丸，你要害死陛下么！”方从哲没有讲话，只是呷了一口茶水。
李可灼面红耳赤的带着药盒就离开了，不过他并没有放弃献药，他在宫中还有几个认识的宦官，可以帮他传达消息。
这一日上午，皇帝病情急剧恶化，朱常洛在乾清宫的病榻上，再一次召见内阁首辅方从哲等十三位大臣。朱由校也侍立在皇帝身旁，皇帝首先讲：“朕还是要册封李选侍为皇贵妃。”昨日，西李又给皇帝吹枕边风，朱常洛缺乏定力，做事反复无常，居然又同意了。
方从哲等人却回答道：“册立太子原来所定的日期应该提前，早日完成册封典礼以慰陛下之心。至于封李选侍为皇贵妃之事可以暂缓。”
皇帝看着朱由校对群臣说：“你们要好好的辅佐太子，使他成为尧舜那样的贤明君主。另外，寿宫可曾齐备？”
这一问使方从哲感到十分为难，他不知道皇上问的是已经驾崩的万历的寿宫还是他自己的寿宫，一时不好回答，思索了一阵才说：“万岁放心，大行皇帝已安葬完毕，天寿山地宫于前天开始复土……”
没等他说完，朱常洛已经不耐烦了，打断说：“朕问的是朕之寿宫。”
方从哲等人慌忙跪倒在地颤声劝道：“太医院御医已禀报过，万岁目前不过是体质虚弱而已，哪里便有天崩地坼的事？”
朱常洛厌烦地说：“太医院一帮庸医，朕信不过。”
“万岁若信不过太医院，臣等当传檄天下，广召名医。”
听到广召名医几个字，朱常洛猛然想起一个人来，就问：“听说今天鸿胪寺有官员来进药，如今为何还不送来？”