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方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼说他有仙方可治万岁病症，但臣与内阁诸臣计议，以为不可轻信，所以已将李可灼斥退了。”
朱常洛面露嗔色，沉默了一阵才说：“太医无用，仙方又不可信，难道叫朕束手待毙？”
方从哲吓得连连叩头说：“微臣怎敢？只是李可灼之言实不可信，皇上三思。”
朱常洛挥了一下手说：“纵不能医病，也断不会要命吧？你传旨下去，朕要试试这个仙方。”
方从哲推脱道：“待臣与六部九卿商议后，再来禀明皇上。”
朱常洛没等方从哲等人说完，就喝令身边的太监速召李可灼入宫。诸臣退到宫外等候。当李可灼应命火速前来的时候，诸臣又跟着入内。
李可灼所进的“仙丹”盛在一个十分古朴的锦匣内，皇帝打开锦厘，立即飘出一股沁人心肺的清香，使人感到五内舒畅。再看那仙丹，却是一粒红得如同玛瑙般的药丸，光泽晶莹，灼灼夺目，确实不像凡间所有，据李可灼讲：此仙方乃是他年轻时节在峨媚山采药时得遇一位仙长所赠，所用药料均采自神府仙境，非人间所能得到，能治百病。
皇帝大喜过望，梦想去死回生，想快快进药。诸臣再三叮嘱皇帝谨慎服药，皇帝却等不及了。诸臣再次退到宫外。到了中午，朱常洛先喝水，气直喘。吃红丸后就不喘了。于是连连称赞李可灼为忠臣。是时，诸位大臣心怀不安，一动不动的站立在宫门外，静候消息。
等到了傍晚，忽见一位太监满面笑容，连蹦带跳出来传令：皇上服了“红丸”仙药以后，微微出汗，全身上下暖润舒畅，也想吃饭了。
诸位大臣站了一天，又饥又累。听到皇上病情转好，如释重负，满脸忧愁一扫而光。诸位大臣心想今天晚上可以踏踏实实睡个大好觉了。
到当天晚上，朱常洛害怕药力不支，又进食了一个红丸。服用之后，朱常洛觉得病势陡然减轻，吩咐赏李可灼一百两白银，然后就安然地睡下了。
九月初一，是新君登基一个月的喜庆日子。
内廷诸司见皇帝病势恢复得很快，决定连夜撤掉祭奠大行皇帝的孝幔。挂灯悬彩，祝贺新君亲政。所以紫禁城里八月三十日是一夜未眠，二十四衙门连夜布置装饰宫院的活动。御用监和司设监更是忙碌，把大量红绸、宫灯送到三宫六院。各院太监们来回奔走，挂灯的挂灯，送锦衣的送锦衣，生怕明天寅时二十四衙门总管太监检查时，挑出大毛病。
到后半夜时，乾清宫出了乱子，几个年轻力壮的太监飞快地跑去太医院传太医入宫，并通知各宫停止张灯结彩。不一会儿又传皇帝口谕，着乾清宫李选侍率皇太子及各宫妃嫔到乾清宫听旨，与此同时，宣召内阁辅臣、六部九卿掌院官吏进宫。
等到方从哲率领着各部尚书来到乾清宫前时，太医们已经垂头丧气地从殿内走出来，通知诸位大臣：
泰昌皇帝朱常洛，在九月初一的凌晨，驾崩了。他仅仅只做了一个月的皇帝。
除了穿越者以外，没有人能预料到这个变故。
最先赶向乾清宫的大臣有吏部尚书周嘉谟，左都御史张问达，以及李汝华、杨涟、左光斗等人。为了等候内阁首辅方从哲和其他阁臣，他们款步徐行，并且议论着目前的事务。他们说到朱由校并未经册立，又已无生母、嫡母，孤单无依，不知将由谁来扶持。有人以为可以托给李选侍，由他来照料。杨涟立即反对这个想法，他讲：
“天子如何可以托于妇人之手？况且西李对皇长子是多么粗暴！你们有没有记起那次李康妃讨封的事，李康妃当着皇上和我们众臣的面把皇长子拉入推出，多不像话，怎么可以由她来照料。我建议，未经册立并不重要，现如今皇长子已是无可争议的储皇。我们应该尽快拜见新天子，群呼万岁。然后拥护他去宫，先暂住在慈庆宫，摆脱开西李。”
在场的大臣都赞成杨涟，等他们汇齐了方从哲、刘一燝、韩爌等阁臣后，大家都来到乾清宫门，在那里，他们却被持梃的內监拦住，不容进入。
此时杨涟奋勇当先，他大喝一声：“奴才，我们是皇帝召来的。如今皇帝已经晏驾，你们拦在这里，是想干行谋逆之事吗！”一下喝退了内侍，群臣才可以进入乾清宫。群臣首先对朱常洛的遗体进行跪拜哭奠，行礼完毕。群臣才发现皇储不见了。
皇储被魏进忠带进暖阁里了，没有西李的命令不能出来。西李是朱由校年幼时的监护人，魏进忠担任朱由校的仆人，魏进忠当然听命于西李了。魏进忠现在心里满想着办好这个差事，他在宫中的地位权势又能涨几分了。
但是魏进忠很意外，他以为皇帝朱常洛驾崩，他的儿子朱由校会伤心难过或者害怕恐惧。结果正好相反，朱由校表现的反常的冷静淡定。在暖阁里，就只有魏进忠和朱由校两个人，几个小太监堵在门口。在沉默中，朱由校对魏进忠问道：
“魏进忠，我要当皇帝了，你是选择帮李娘娘还是帮我呢？”魏进忠听完显示有些惊愕，随后大脑开始了飞速旋转。
太监在生理上就是个已经变了形的男子，还未曾变成形的女人，非男非女，在两性之间都没有他的位置。但是这个尴尬的生理地位并不妨碍太监在宫廷和政府两方面的煊赫声势。太监只要恪遵权力场上的四句格言就行，这四句格言是：
要牢牢捧住得势的人；
要坚决踢开那些霉官儿；
要念念不忘地记得应该牢记的事情；
要了无痕迹地忘记应该忘记的事情。
这看来是够简单的，但既然成为格言，就说明身体力行并不容易。对于魏进忠来说，他可以轻而易举地把它们做到。
皇长子要得势，李娘娘要倒霉了。这是魏公公得出的结论。魏进忠绝不会错过改变命运的机会。
在此时，乾清宫前殿内，内阁次辅刘一燝还在问近旁的宦官:“圣上宾天，皇储便该在灵前即位，皇储现在为何不在这里？”内监们都避而不答。
幸好曾为朱常洛伴读的内监王安近前来悄声道：“皇储让西李给藏起来了”。
刘一燝大声喊道：“哪个大胆的，敢把新天子给藏起来！”
“别急，列位在此稍候，等我进去看看。”王安转身去乾清宫后殿见西李。
“李娘娘，皇储必须群臣拥立才能继承大统，皇储出见群臣是避不可免的。见完群臣，皇储可以再回来。”
西李一时被他说动了，就叫魏进忠把朱由校从暖阁带出来交给王安。但是西李忽而又觉得不妥，又忙想拉他。朱由校闪身躲过了这一抓，跟王安跑到外面。
外面守候的诸臣，一见朱由校便高呼“万岁”。
刘一燝在左，英国公张惟贤在右拉着朱由校往乾清门外跑。西李马上发现自己上当，下令让魏进忠和几个年轻力壮的太监拿着木棍去把朱由校追回来。那几个太监跑得快在前，魏进忠在后。魏公公突然背后偷袭，用木棍打那几个跑在前面宦官的头，他们猝不及防被魏进忠打倒在地。
朱由校此时已经坐上乾清门门口的御辇，回头一望目睹了此场景。魏进忠迅速跑到御辇前跪拜，并讲：“皇上，请让老奴侍奉你登基。”
“好，魏进忠，你弃暗投明的还不算晚。跟我走吧。”朱由校回答。
此时，几位老臣也顾不得许多，抬起御辇就走，迅速绕过内左门，经崇楼、文楼，直奔文华殿。魏进忠也迅速跟上来。在文华殿，群臣向朱由校正式跪拜行礼。行礼完毕，西李又派宦官来纠缠，要朱由校去乾清宫。
诸臣见势如此，觉得此地不宜久留。经过商议之后，朱由校和诸位臣子去慈庆宫。
慈庆宫，本是皇太子东宫所在地。朱由校到慈庆宫，也就表示正位东宫。吏部尚书周嘉谟对朱由校说：
“今日殿下之身，即是国家神人托重之身，不可轻易行动。就是每天到乾清宫哀悼先帝，也必须等待各位大臣到齐以后才能出发。”
“我看没有这个必要了，立刻传我的口谕，召锦衣卫都指挥使骆思恭带天子亲军前来护驾。今天我就逼西李离开乾清宫。”
杨涟有点担心的问道：“今皇帝死而未葬，如今就带锦衣卫亲军就进皇宫是不是不好？”
“大行不顾细谨，大礼不辞小让。如今李康妃窃居龙廷，我岂能容她。李进忠，快去传我的口谕。”朱由校说话的语气很是坚决。
在魏进忠去传锦衣卫指挥使骆思恭的时候，朱由校跟诸位大臣讨论应该何时登基。
有人请于当天午时即位，并引用以前孝宗皇帝逝世以后，武宗皇帝立即即位的例子。
有人主张稍迟一点，等到九月初六再办。杨涟便是个主张缓办的人，他以为父丧未敛，就忙着要衮冕临朝，于礼似有未合。
朱由校倒是不急，他的继承大统是完全符合礼制的。只要锦衣卫一到，他手上有兵就可安枕无忧了。最后通过商议，应于九月初六日登基。