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朱由校的登基大典结束以后，皇帝与群臣商议的第一件国事是安排先皇的泰昌纪年。
先皇朱常洛改年号为泰昌，以明年为泰昌元年。可是他嗣服一月即死，距离泰昌元年开始的时间还有四个月。而朱由校即位时，又宣布以明年为天启元年。这样一来就产生了父子二代的纪年互相打架的问题：
如果以明年为泰昌元年，则朱由校即位以后，将有一年又四个月的时间没有纪年。
如果以明年为天启元年，则朱常洛的纪年实际上已不复存在。
父传子，子传孙，此为万世之经；帝统必不可缺遗，世系必不容紊乱，此为纲纪之大。为了使朱由校的嗣统具有连续性，维护明帝世系的完整性，必须刻不容缓地解决先皇的泰昌纪年问题。
在早朝上大臣的讨论中，礼科左给事中李若珪提出了一个和稀泥的万全之策。他建议把万历四十八年一分为二，以朱常洛登基之日为界始：八月初一以前称为万历四十八年；八月初一至十二月底为泰昌元年。
李若珪的改元之议提出之后，有人立即表示反对。御史黄士彦说：
“若中岁改元，使人君不得毕其数，嗣君不得正其初，于义为不经。先帝即位一月，善政不胜书，未及改元，修史谁能隐之。臣子乃于后改之，是以过举遗先帝耳。”
而御史左光斗，则不同意黄士彦的说法。他根据唐代“父子共有一年”的先例，上疏赞成李若珪的建议。说：
“今距登基只一日。若今日之议，万历自四十八年，泰昌系以元年。但史自八月一日前仍书万历，自八月一日后至十二月则书泰昌，并行不悖，古今通行。泰昌之于万历，犹天启之于泰昌也。泰昌不忍其亲则存之，天启独忍于其亲则削之，是陷皇上于不孝也，既不忍于祖而于其父，犹之不孝也。忍于全泰昌之孝，而不思所以全皇上之孝，是议者之过也。”
朱由校最后拍板，采取了李若珪和左光斗的说法，继统问题就明确了。他真正当上皇帝的第一个下午，就讨论了这么一件说大不大说小不小的国事。
到了晚上，朱由校转移到养心殿西暖阁继续办公。
此时的西暖阁，早已被值事太监擦拭得窗明几净，镶嵌了几十颗祖母绿的鎏金宣德炉里，也燃起了特制的檀香，异香满室，闻者精神一爽。而在小皇上的御座与李太后落座的绣椅之间，有一个小巧玲珑的单盆花架，上面放了翠青六孔莲瓣花插，那本是南宋龙泉窑的旧物。花插上了六枝猩红欲滴的玫瑰，也分外夺人眼目。
司礼监秉笔太监王安带着一堆奏章给皇帝批阅。朱由校瞄了瞄几案上早已放好的十几份奏章，问道：
“王公公，奏章还未拆封？”
按规矩，所有呈给皇上的奏章，先都集中到通政司，再由该衙门转呈大内。奏章寄呈时就已封套缄口，通政司收到后再加盖火印关防。只有呈至御前，皇上下旨才能开拆，此前任何人不得与闻。
“没有皇上的旨意，奴岂敢拆封？”
王安恭恭敬敬地站在几案前，朱由校见状，叫一名小内侍给他搬了个凳子。
“王公公，坐下说话吧！”
“谢陛下！”王安刚坐定，皇上又问话了。
“朕刚开始处理国事，有些事还需要请教王公公你。”
“奴不敢当请教二字，皇上有何事垂询，请明示。”
“通政司每日送来很多奏本要朕审阅，这些公文事体浩繁，形式各异，应该怎样区别对待？”
听到这问题，王安心里很高兴，他本来还有点担心这位喜好玩乐而著称的皇帝不理朝政。现在，天子有心处理政事，熟悉掌故了，这对国家来说实在是一件好事。王安应声答道：
“皇上所问之事，乃宫府间移文方式，奴曾在司礼监掌印太监陈矩手下做事，对这方面的处理是再也熟悉不过了。”
“朕提的问题，你快快回答。”
王安一直正襟危坐，此时“嗯”了一声，略一思忖，答道：
“皇上在各类奏章上的批复或者御制文章，虽总称圣旨，但因体裁不同，大略可分十类：一曰诏、二曰诰、三曰制、四月敕、五曰册文、六曰谕、七曰书、八曰符、九曰令、十曰檄……至于各衙门所上奏本，体制亦分十类：一曰题、二曰奏启、三曰表笺、四曰讲章、五曰书状、六曰文册、七曰揭帖、八曰会议、九曰露布、十曰译……”
接下来，王安就自上而下以及自下而上传递的各十种文体作了详细的介绍说明，每种文体的法式、物件及作用都引经据典由浅入深剖析明白，皇帝听得很认真，没有听懂或心存疑惑之处便及时提问，这样言来语往，不知不觉过去了大半个时辰。
皇帝站起身来，伸了个懒腰。
“万岁爷，该歇会儿了。”王安提议。
“看茶。”朱由校吩咐道。
立刻就有两个小内侍抬了两桌茶点上来，主奴一人一桌。每张小桌上摆了三五种饮品和十几种茶点。
休息之后，朱由校正式看邸报和奏章。
首先是一份邸报，内容是建奴攻克蒲河千户所，大明官军将士阵亡和失踪者达七百与人。
蒲河是在沈阳的东北方向的屏障城市，看来鞑子的军队已经逼近沈阳了。
还有一份邸报是关于台州士兵哗变。
浙江兵因为征调频繁，粮草供应不上，五年之间之中发生两次哗变。这一次是因为水陆营的把总单道亨、哨官杨思勋等贪污侵占士兵军饷，不满的呼声四起，备倭把总陈泰阶听信谗言，滥施刑罚，各营兵卒群噪而起，闯入陈泰阶的官衙，毁掉公座，闹了很久才散去。
“皇上，兵部关于此事上疏的题本是主张将这三人革职。”王安给皇帝讲解兵部对于这件事的处理方案。
“王安，朕可否直接批复呢？”
“陛下，这是您的权力。可是事关军队，总该跟大臣们商议一下。”
“朕决定直接将这三人处死，然后抄家。你可以拟圣旨了。”
“陛下——”
“怎么，王公公不想做秉笔太监了吗？”朱由校讲完话，用锐利的眼神盯着王安。
“奴马上拟旨！”王安此时知道了皇帝的性情，对于这样一个不好伺候的主儿，他急忙收敛锋芒、韬光晦迹。
“王安，朕不是那么难伺候的皇帝。”朱由校察觉到了王安的心理变化，“只是现在人心大坏，朕必须以整顿吏治为宗旨，清肃纲纪、严峻刑律。你过去一直帮着我父皇，现在你应该全心全意地帮着我。”
王安听到此话，立刻跪在地上，叩头说道：“奴王安一定为皇帝陛下勤勤恳恳做事。”
“好，朕要的就是你的才学和忠心。”
随后，朱由校又看了其他的奏章了解国事，他对现在的形势有了一个大概的了解，那就是财政接近崩溃。
万历初年，内阁首辅张居正有感于财政紊乱，收入日减，于是大规模整理财政，内容包括清丈田土，重整税收，普遍实施一条鞭法。在张居正雷利风行下，国家财政的收入确实增加不少，府库也充盈了许多。
但在张居正死后，疆场之变接连发生，耗去了大量的财富。万历三大征是最明显的例子。三大征指的是宁夏的哱拜之乱，朝鲜的倭乱，以及播州杨应龙之乱。这三次战役，在总计不到十年的时间，千里转饷，共用去一千二百万两白银。
到了万历末年，朝廷没有银子用来征讨建奴。万历皇帝于是决定加派辽饷。万历四十六年田赋每亩加派三厘五毫，四十七年加派增加到每亩七毫，四十八年加派最终增加到每亩九毫。
现在靠着辽饷，大明全国每年增加赋税五百二十万两白银。
然而对于一个官僚严重腐败的体系里，在收税时大部分钱粮进了中饱私囊的官吏口袋里，百姓被剥削得赤贫。在把税款投入军饷时，又有大量的军费被贪污，军户们往往拿不到钱，不能养家糊口。
皇帝着急，老百姓着急，贪墨的官僚却乐开了花。
吏部尚书周嘉谟上奏本，直白地讲述大明官场的现状，其内容是：
今天下民困极矣。始因矿税之剥削，皮骨仅存。继以征派繁兴，髓脂立竭。近来有司贪墨之吏乱立名目，任意科派，重扣轻出，表里为奸，反复滋扰，掠夺商贾，诈骗百姓，蠹治殃民。
看了一个半时辰的奏章，天色已晚，朱由校觉得看竖版的文字有点眼晕，他准备休息了。王安回到司礼监，皇帝则在西暖阁坐着闭目养神，脑海里还在思索从哪方面着手整顿吏治。
魏进忠在旁伺候，他观察到皇帝的眉头紧锁，料是有烦心事，他主动建议道：“万岁爷，您原来有什么不高兴的时候，去乾清宫底下的老虎洞跟宫人们玩一次捉迷藏就舒心了。”
【什么？乾清宫底下有个地洞？】
朱由校表面上不动声色，他笑着让魏进忠带他去地洞看一眼，没想到还真有。在乾清宫的西北角奉先殿附近有一个地下洞口，人可以直接走进去。这个洞穴叫老虎洞，洞中砌石成壁，洞的最里边在乾清宫下面，朱由校小时候经常来玩。
【万历皇帝心可是太大了啊！乾清宫底下这么个大洞，睡在上面不跟两脚踩空感觉一样吗！】
朱由校想到自己作为皇帝，可以说是身处于大明社会的金字塔顶端，底下是百姓，中间是层层官僚。现在中间的人拼命地挖墙脚，他目前其实也是双脚踩空。想到这里，他觉得太恐怖了，他跟魏进忠说道：
“魏进忠，明日你带着人把这个地洞给我彻底填上。”