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楚党和东林的交恶，当时的翰林院编修孙承宗是见证人，孙承宗把事情的来龙去脉跟朱由校讲了一遍。
在妖书案中，郭正域受到当时的内阁首辅沈一贯的诬陷。自此之后，郭正域厌恶官场中的尔虞我诈，早已视功名利禄于浮云，回乡后即以讲学为要，劝廷弼不要插手其间。熊廷弼不肯，他联合楚人继续努力。
然而，顾宪成为了让李三才入阁，他写了《救漕抚书》，这篇文章在邸报上传开，局势变得扑朔迷离，郭正域进阁更加渺茫。
失望之余，熊廷弼也有了情绪，这让吏部尚书孙丕扬很为难。
此时，因韩敬科考案波及江南，生员对官府极不信任，彼此间严重对立，矛盾难以化解。有人建议让熊廷弼去：“南中人才盛，非文望莫能鉴；士风悍，非武望不能慑。熊科名高，有文武风，裁宜以往。”
为了缓解熊廷弼的情绪，孙丕扬特任命他去南直隶任提学御史，离开京城这是非之地。
后来，熊廷弼去南京上任。那时，他牵挂着边防安危，痛苦多年积累的经验、满腹军事韬略，从此埋入深渊无人识。更难以释怀的是亲家翁满腹经纶却倍受冷落，其中的滋味谁人知？熊廷弼的心充满悲愤与无奈。
督学南畿的第二年，正逢东林书院领袖顾宪成的长子顾舆淳参加乡试，一头撞在了熊廷弼的枪口上。熊廷弼将他置于末等，名落孙山后，显然就是不让他进入仕途。
这说明什么呢？熊廷弼恨顾宪成，恨他身为郭正域的密友，在入阁问题上竟站在了李三才身边，让郭正域满腹经纶，却没有施展志向的机会。
万历四十年，郭正域去世，享年五十八岁。郭正域离世，对熊廷弼打击非常大。他无法承受失去亲家翁又是密友的沉重打击，把怒气发泄在东林身上。从考课至督导，只要生员犯错，多半予以杖责。即使成绩优秀者，只要感其心术不正还是要杖打，杖击成了他的家常便饭。熊廷弼暴戾离奇的行为，终于引起学生家长的不满，他们冲进督馆，抢走受杖击的儿子不说，还纷纷告到衙门。
然而，熊廷弼又很尽职，只要乡试，他都要把举子的试卷全部取来亲自批阅，凡有高明者，都要拔擢出来。熊廷弼批阅试卷很奇特，他喜欢把几条长凳连接起来，把试卷一字儿鳞摊于长凳上，再于长凳左右各置酒一坛，剑一柄。他手操朱笔，一目数行，每当读得佳作，拍案叫绝，大樽痛饮。若遇荒谬劣作下品，则摇头叹气，手挥剑狂舞一回，以抒胸中郁气。
熊廷弼还大量提拔寒微之士，又黜退江南许多名士及乡绅津要子弟，其中尤以东林子弟居多。受其处罚的生员亦与东林有关，弄得怨声载道。熊廷弼行事如此，确实令人匪夷所思。也许在他内心深处，无法忍受郭正域被人遗忘，从而迁怒东林。而郭正域被谋杀，更让他恨东林入骨。顾宪成去世后，按例，作为名贤，顾宪成享有立祠的权力，熊廷弼对此却十分勉强。只是迫于公议，勉强从之。
孙承宗讲完了这番旧事，皇帝听得连连点头。
“孙先生，朕觉得最好和熊廷弼见一面，这样辽东前线的很多事说得明白。”
“陛下所言有理，但是现在形势危急，辽东经略驻守在沈阳城，他不能离开前线太长时间。否则容易给东虏可趁之机。”
“沈阳离京城多远距离？”
“回陛下，一千四百多里地。”
“沈阳离山海关多远距离？”
“八百多里地。”
“那朕去巡视山海关，让熊廷弼到山海关来见朕。”
“皇上万金之躯还是不要随意出京。”
“朕心意已决，再说现在关内还是安全的。朕不能做宫闱中的金枝玉叶，经不起一点风吹雨打。你是朕选的内阁首辅，应该以朕之心为心。”
“是，仆想得太迂腐了。”
“明日，你跟朕去巡视京营。”
“是，陛下，仆立刻安排。”
“不行，朕要瞧瞧地去，你提前知会官员，他们会把京营的问题藏起来，朕去巡视就没有意义了。”
“这有些危险吧，万一碰上士兵哗变怎么办？”
“哗变就哗变，朕就是看看真实的京营。有锦衣卫保护，没有什么好害怕的。”
十月初二，内阁首辅孙承宗陪同皇帝一起去京军十二团营巡视。去之前，朱由校特意叮嘱手下不要告诉将士们他皇帝的身份。
京军最开始的编制就是三大营，土木堡之变以后，于谦改革军事，将京军编为十二团营，就一直沿革到现在。
来到京军营寨，朱由校知道情况有多么糟糕了。
皇帝来的时候，有的士卒在打家具做木匠活；有的则在打草鞋；还有的在道边开茶馆。干什么的都有，就是没有在锻炼武艺操练阵法的兵。就这种水平的兵还缺员，孙承宗前几天报告京军有十万人，现在看来怕是九万都不到了。不光人是这样，马也是瘦小枯干饿的只剩一口气了。
朱由校又去检查军备库，朱由校手抽一弓，正欲拉开，弓承受不了拉力自己断了；取一支箭，箭只能抽出来半截；检验刀棍，刀不能杀鸡，棍不能击犬。检查到一半，中午军营开饭了，士卒们都跑过去吃饭。朱由校也去看了看，食桶里都是一些烂菜叶一点荤腥都没有，散发着难闻的味道。士卒们都吃的很开心，朱由校看得很难过。
朱由校觉得是时候显露身份了，由内阁首辅宣布皇帝今天来巡视军营。大小将校和士卒都纷纷下跪行礼，皇帝让他们免礼平身。
在将士们惊奇的眼光下，朱由校去尝了尝底层士卒所用的饭食，他感觉就像在吃泔水一样。皇帝急忙命令军队的伙夫重新给士卒做菜，要有肉有菜。皇帝下令，有谁敢不遵从，伙房立刻手忙脚乱起来。不多一会儿，伙房做好一荤一素给士卒们吃，皇帝先尝第一口，虽然也不好吃，但总比泔水强多了。皇帝下令士卒们可以敞开肚子吃，士卒们感觉比过年还高兴，再次集体跪拜，高呼万岁。
这顿饭把京军伙房储备的猪牛羊鸡鸭鹅肉消耗了一大半。等到士卒填饱肚子以后，皇帝站在高台上向将士们训话。朱由校封闭了廉泉闸，这可以放大他讲话的音量。皇帝的话震耳欲聋，在场的上万将士都能听得见，在皇帝身边的内阁首辅孙承宗耳朵被震得生疼。
“各位将士们，朕今天很后悔。朕很后悔不在即位的第一天就来巡视京营看望大家。朕很自责，朕不了解你们的生活，朕不了解我大明的将士生活的如此不堪。朕今天向你们保证向全天下的大明将士保证，朕一定会让你们有足够的钱粮……”朱由校讲了很多很多，他也不知道底下的将士听进去多少。
军人的健壮体格需要足够的营养，而今日所见的京军士卒伙食，和喂猪的饲料差不了太多。军队打仗需要精良的兵器，今天皇帝见到的武器都不如农夫的锄头。
皇帝命人清点人数，纸面上的京军总人数是十二万人，现在已不足九万。在这八万多士卒当中，身体强壮的人都很少，更不要说骑马作战了。
朱由校晚上回到文华殿，继续与孙承宗商讨国事。
“孙先生，改革京军时不可待，再这样下去，京城即便有高高的城墙防守，面对敌人也是不堪一击。”皇帝说话的语气有些沮丧。
“皇上不要着急，今日巡视京营，陛下与将士们同甘共苦。臣大为敬佩，只要陛下愿意配发足够的物资，将校们加以严格的训练，永乐年间无敌京军的威风一定会重现的。”孙承宗今日陪同皇帝巡视兵营，对天子的那种实事求是平易近人的做法很是感动。孙承宗仿佛看到了大明的美好未来。
“这样，让兵部尚书崔景荣最近辛苦一点，多去京军视察监督。有贪污腐败或是虐待士卒的将帅直接送到刑部，刑部处理的不好，让崔景荣直接汇报给朕。这些天，孙先生你就优先处理军务，内阁的其他事就交给刘一燝和韩爌来解决，你只要起到监督作用就可以了。”
“是，陛下。仆明白，仆一定会抓紧京军的训练。仆建议让喜峰口参将满桂来训练京军。满桂为人忠诚勇敢，不同一般，不好声色，能够和士卒同甘共苦。最重要的是他擅长骑马射箭，也很擅长训练士卒。把京军交给他训练，陛下一定能看得到效果。”
“我听说满桂是蒙古人？”
“陛下，满桂不是蒙古人。他的先祖是山东兖州府峄县人，因立有战功，遂在宣府卫为官，至此世居于宣府。满桂是正儿八经的汉人军官。”
“好，朕批准了，调满桂到京军练兵。”
最后，朱由校与孙承宗商议了一下。熊廷弼要在十月十五日到山海关向皇帝述职，内阁首辅坐镇北京城。