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济宁周边的洼地并不是说就是完美无缺，这个地区有严重的卫生问题。因为土地不需要施肥，所以这里没有积肥的习惯，无论大小村庄，街道上没有公共厕所。居民家的厕所只为挡人耳目，也并不注重攒粪。猪、鸡都到处跑，不用栏圈。村庄到处是人畜粪便，没有人拾粪，都是任其风干或靠下雨时冲净。到处有一种恶臭的空气，朱由校在船上路过高地上的村庄都是保持屏住呼吸的状态。
恶臭暂且不提，这样的环境还导致夏秋季节蚊子特多。在朱由校的医学认知上，这种情况往往会导致寄生虫病、疟疾等疾病的发病率上升。这是与“上坡地”对比，不好的方面。
船夫划船带朱由校等人穿过辽阔的水面，抵达离济宁城不远的岸边，付完摆渡钱以后，皇帝一行人进了济宁城。
进了济宁城以后，朱由校觉得旅途的劳累根本就不算什么了，这座繁华的商业城市是他微服私访的最后一站。考察完本地的民情和了解河道总督左光斗的治水情况以后，皇帝就可以安安心心回紫禁城亲政了。
漫步在济宁城的商业街道上，朱由校看到州城内外，通衢要道，运河、越河两岸，行栈店铺林立，各地商贾云集，百业兴盛，这里的市场甚至比皇帝见到的运河名城——临清的市场更加繁荣。
济宁城在元代就成为京杭大运河上重要的交通枢纽和水旱码头，是南北传输要地和重要的物品集散中心。元代诗人曾写过一首诗，生动地描绘了当时济宁城区商业繁荣景象：“日中市贸群物聚，红毡碧碗堆如山，商人嗜利暮不散，酒楼歌馆相喧阗。”
到明代中叶，运河经济进一步提高，济宁发展成一个“车马临四达之衢，商贾集五都之市”的繁荣商业城市，每年在济宁装卸的货物达四百万担，迅速出现了“官舸商舶鳞集，麻拥于济城之下”的兴旺景象。现在城区定居之民已不下数万家，商贾之踵接而辐辏者亦不下数万家。
在明代，济宁繁荣兴盛的商业行业主要有药材业、皮毛业、粮食业、杂货业、绸布业、竹货业、百货业、铁货业、茶叶业、陶瓷业、文具业、饮食业、服务业、金融业等十多个行业。历经数百年发展和变迁，各个商业行业随着经营规模的不断扩大，不仅行业分工越来越细，并且还出现了比较明显的地域分工，逐渐形成了以销售某种或某类商品为特点的比较专业性的商业街巷和市场。
比如说竹竿巷，以编织出售竹器、竹货而得名；姜店街，以黄姜商贩货店得名；果子巷，以售干鲜果品而得名；鸡市口街，以鸡鸭市场而得名；驴市口街，以牲畜交易市场而得名；柴禾市街，以卖烧柴市场而得名；瓷器胡同，以出售瓷器而得名……
最大的行业是药材业，济宁的药材业起源于南北朝时期，隋唐时期即成为全国十大中药材市场。明代借助运河进一步得到发展，万历中期达到鼎盛，药材行栈发展到一百多家，零售店铺发展到五十多家，每天吞吐药材量达到几十万斤，与全国十九个省建立了购销关系，互为市场，成为全国著名的大药材市场。
仅次于药材业的行业是济宁城的皮毛业，大的皮毛行栈发展到三十多家，年经营皮货近百万张。货源除来自全省各地外，部分来自北直隶、内蒙、辽东等地。根据朱由校的实地调查，济宁也是运河沿岸最大的粮油集散中心之一，贸易规模仅次于临清，除此之外，其他的行业贸易量要远远超过临清。
皇帝面对这样热闹的街市有些眼花缭乱，不仅州城南运河、越河两岸街巷已形成约方圆三里的繁盛商业区，而且州城内通往东西南北四门的西条大街也已辟为繁华的商业街市。这些最繁盛的商业街巷，店铺行栈鳞次栉比，大店铺门面装饰豪华醒目，商品货源充盈，品种繁多，琳琅满目。白天客商云集，摩肩擦踵，生意兴隆。晚上，街面上灯火辉煌，交易不停。有些商户生意火爆时，常常通宵达旦进行营业。
城市内部的环境也非常好，江北小苏州是济宁城的一个外号，因为济宁城内有不少仿苏州园林的建筑。城市里由于水源丰富，适宜多种植物生长，园林中花草树木四时不屑、八节生存。花树有桂花、海棠、玉兰、山茶、石榴、紫藤、梅碧桃、蔷薇、月季、牡丹、杜鹃、竹子等；在树木配置上，有松、柏、榆、槐、女贞、梧桐等习以常见；夏日荷花更是荡漾在碧波之中。
天子在济宁城感受到的是滋润人的空气，和城外的臭味不同。丰富的水源和园里栽种的众多的花木，起到了保护整个城市自然景观和人文景观的作用，也保护了城市空气，使之清新宜人；保护了城市的温度和湿度，使之免受季节、雨旱的影响。
对于天启皇帝来说，吃是一件大事情。恰巧济宁的饮食业非常发达。饮食业在旧时代因其服务的阶层不同，总是向着两个方向发展，一是面向官宦、财主的高档大菜；二是面向小业主和劳动者的街头小吃。这两种小吃在济宁都别有一番风光。
济宁衙门多，官府接待多，商号应酬也多，饭店随之而多，名厨师也多，久之也就形成了济宁菜的两大特色。因地处水乡，所以济宁厨师的拿手菜多是湖鲜、水产；因运河南北商旅云集，所以菜品兼取南北风味，济宁菜大大丰富了鲁菜系统。
来济宁的人大多经商，早晨应酬开市，来不及做早点，人们便多有上街买早点的习惯。生意人和手工业者又常熬夜，所以夜宵也多。加上运河船队停滞时间长，做饭不便，街头小吃就兴盛起来。
朱由校最喜欢的济宁小吃是甏肉干饭。甏是一种盛放食物的器皿，甏肉顾名思义，用甏盛放烹制的肉。起源于元朝。随着京杭大运河的开通，南方的大米从水路运往北方。当时的人们把用陶器炖出来的肉和大米饭放在一起吃，别有一番风味。
大米用前先筛后簸，绝无杂物，凡半粒者全剔除；干饭必须蒸透，用水必须适量。烹制甏肉时，须将肉条、面筋、剥皮熟鸡蛋、蒲菜头或白笋丁以及调料放在甏内煮熟，米饭在另一甏内煮熟。食时从两个甏内分别盛取甏肉和米饭，其大米干饭粒粒如玉，甏肉色泽红韵，质地柔嫩，肥而不腻，烂而不糜；汤浓味厚，咸香可口，堪称一绝。食用时，外加一道咸菜或老虎菜或腌制辣椒，味道更佳。朱由校一口气吃了几大碗。
晚上到了寻找住宿的时候，朱由校直接去河道总督的府衙。反正济宁城已经是最后一站了，考察完左光斗皇上就回京城了，她让锦衣卫千户王阳武和秉笔太监曹化淳亮明大内的金牌，证明他们的身份。朱由校本人并没有暴露皇帝的身份，府衙的官员认出厂卫的令牌，知道他们都是皇帝的亲信得罪不起，这个小官满脸堆笑地请朱由校等人入府。
皇上装着狐假虎威的样子跟太监曹化淳进了府衙，朱由校左看看右看看，也没见到左光斗的半个影子。他问领路的官员：“河道总督左大人去哪了？”
“左大人去灵璧、双沟、黄铺一带监督河工们修复堤坝去了，他已经走了一个多月了，前几天他写信给济宁府衙说很快就回来，下官估计明天左大人就差不多回来了。”领路的官员毕恭毕敬的回答。
朱由校想想也成，在等他一天吧，当晚皇上住进了河道总督府衙后院的厢房，安安稳稳地睡了一觉。
天子在河道总督府衙睡了一觉，起来时已经是天光大亮。他不喜欢衙门的伙食，皇上带着十几个护卫出门去吃济宁有名的小吃胡椒辣汤，顺便打听一下河道总督左光斗在此地的官声如何。
皇上派了新加入锦衣卫的成员铁冰之、铁媚父女分别去饭馆里打探左光斗的情报，他自己也到闹市里去询问，得到的结果非常一致。左光斗是一位非常清廉和勤勉的官员，来了济宁只参加了一次当地下官对新上司的接风洗尘，然后就一心投入到治河工作中去，没有参加过余外的应酬。不过也有些大腹便便的财主和官僚表示左大人太不懂人情世故，闷头做事在官场是行不通，走不长远的。一些小老百姓也跟着这么讲。
听到普遍积极的民间反应，朱由校觉得很高兴，这说明皇帝没有选错人。至于，对清廉有些异议只能说明朝廷的氛围太糟糕了，如果像洪武年间那样的官场氛围，清廉是一种常态，左光斗一定会被认可。可是如今，贪污是一种常态，做官清廉为百姓做好事干实事却容易遭大多数官僚记恨。更可气的是，还有好多傻乎乎的老百姓就被虚伪的士大夫忽悠住了，坚定不移地认为贪官是干实事的料。这样的现象是世风日下，道德沦丧。