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在明军水师出征前，俞咨皋召集各级随军将校，摆出了两盒装的满满当当的银元宝，传令说道：“攻打红夷，谁敢做先锋，就可以领取一盒银锭。到时候要率先冲舰破敌！”
俞咨皋的话刚说完，总兵徐一鸣与战船长毛文龙挺身而出，领取“先锋银锭”。他们要担任本次海战的先锋。毛文龙是袁可立提拔起来，目前山东水师编制还比较混乱，毛文龙被叫做战船长。
为了在战斗中便于分辨每艘战船的进退先后，以利于公平赏罚，俞咨皋命令每艘战船风篷上都须写上将校的姓名。
俞咨皋抬头看了看天，已是辰牌时分，点了点头，将手一挥下了命令，“传我将令，即刻升旗登舰！”
中军大旗在雄壮的军乐中冉冉升空。此时南风骤然而起，吹得宝蓝缎面的将旗猎猎作响。上面绣着一行鹅黄大字“靖剿红夷大将军俞”。大旗在南风中飘荡，旗舰后面，满载水兵的战船一列列依序驶出港口。波涛翻滚的海面上，升起了团团杀气，收复澎湖列岛的海战开始了。
出师的第三日，南风愈加猛烈了。风催战舰箭一般驶去，像一条条硕大无比的巨鲸在海面上破浪前行，溅起老高的水花。澎湖岛渐渐临近了。岸边突起的礁石，像怪兽一样在浪涛中若隐若现。
荷兰人虽然在澎湖设防，但并不相信俞咨皋会在六月份进攻，因为六月是台风多发季节，明朝人应该不敢率师渡海。但大明水师真的来了，荷兰人在岛上发了一声炮响，集合军队。自恃船坚炮利，主动迎战。荷兰的十三艘大敌舰驶出港口冲流而来。
俞咨皋将水师分为两路，一路是十八艘大战舰，分为六股，作品字形阵法。另一路是四艘大战舰和其余的中小战舰，他们作为预备队使用。有事则救应各方，无事作后备使用。红蓝令旗在镇台上遥相呼应。舰队按照俞咨皋旗舰的号令不断变换着队形。海面上画角、号炮不绝于耳，惊得海鸥仓皇地忽起忽落。
荷兰舰队的总头目莱尔森指挥红夷战船列阵迎战。俞咨皋沉着地将手中红旗一摆，十八艘大战船上火炮同时怒吼起来。这些大炮射程远。换装火药快，只是后座力大，每次发炮船身便剧烈地抖动。
双方炮矢交攻，有如雨下，烟焰蔽天，咫尺难辨。荷兰人找到了俞咨皋的旗舰，集中火力击来，周围立时激起一片水柱，哗哗地向船上倾泻，扑上船舷的海水打得俞咨皋浑身湿透。
俞咨皋急忙下令：“打旗语，左右两翼不必顾我，压上去围攻红夷！”连叫几声，旗手却一动不动。俞咨皋不禁大怒，从腰间拔剑在手，上前要斩这吓昏了的水兵。走到跟前却愣住了，原来中军旗手已被炸死在船舷旁边，却还紧握着令旗站着，鲜血和着海水汩汩地往下流淌。
又是感动又是焦急，俞咨皋劈手夺过了令旗，厉声跟副船长说道：“你来指挥旗舰！”说完一个健步登上倾斜的旗台，亲自操旗传发号令。得到号令，预备队也按照阵型冲上去围攻红夷舰队。
此刻前锋的战舰已经与敌人冲到一处，大炮失去了作用，在箭如雨蝗，枪似爆豆之中，火箭大展神威，双方都有几只兵舰的帆被燃着。熊熊火光中桅杆的爆裂声、鼓声、呐喊声、惨嚎声、战舰的碰撞声、白刃相搏的格斗声，和大浪的喧嚣声搅成一团。
总兵徐一鸣腹部受伤肠子出来了，他忍痛将肠子塞回去，裹好伤口处继续战斗，血染征袍。
战船长毛文龙吩咐精通水性的一百人，带上小船十只，每十人一船，人人携带大竹筒一只，船中装满灌油、硝磺、麻棕等引火之物。当风一起，众人即飞乘小船，冲到对方夹板船边，将小船用斧钉和对方大船钉在一起，然后立即引火，随即抱着竹筒跃入海水中，随波浮沉，回到自方接应船上。这时候毛文龙亲自指挥组织炮火，猛烈轰击。这么一结合，荷兰人的大船有三艘起火。
这时恰逢南风劲吹，大明水师占据上风上流，每艘战船都奋勇争先，所向披靡。
眼见得荷兰船队率军败退，俞咨皋精神大振，亲自擂鼓，催军猛进。中锋前队双方的几十条战舰已经杀成一团。水手都杀得红了眼，浑身都像血葫芦似的，还在寻找洋鬼子作白刃格斗。
战斗持续了六个时辰，从早上打到傍晚，红夷被打的大败而归，十三艘大战舰只剩下四艘回到澎湖列岛的港口里。黑云重重地压了下来。
海面上的天气，说变就变。交战时，还是晴空万里，这时，突然浓云密布，紧接着，劈雷闪电大雨倾盆。一道烁金流火似的金蛇从云层中猛窜出来，接着便是一阵惊心动魄的滚雷。大雨劈头盖脸地洒落下来，打得海面“刷刷”响声不断……
俞咨皋这边也要做暂时的修整，不能连夜进攻了。他先是命令各船收治伤员，然后又派二十条小船去救助那些落水的荷兰船员。总共捞出来三百多荷兰人。俞咨皋派懂得荷兰语的人去跟他们交流，问出了荷兰在岛上防御工事的具体情况。
六月八日，明军在镇海港登陆，垒石筑起一座营寨，以此步步推进。六月十日，俞咨皋到前线去观察荷兰的最后堡垒风柜城的地势。
到了六月十五日，聚集在城外的明军已经达到了三千人，有一百们火炮攻城。俞咨皋派荷兰俘虏前去劝降，并隔绝他们的补给线。
第一次劝降失败了，俞咨皋命令大炮轰城。不得不说，荷兰人造的棱堡的确坚固。轰了整整五天，愣是没打破风柜城的防御。
最终在六月二十二日，因为补给耗尽，荷兰人投降了。
在澎湖列岛上有三千多红夷绑架的沿海居民，他们都被俞咨皋救回去了。有一部分罪大恶极的红夷水手被俞咨皋处死了，还剩下将近七百个荷兰人做俘虏。
俞咨皋把战斗的情况写成上疏，派人加急送到京城请皇帝阅览，询问了如何处置这些剩余的红夷俘虏。
皇帝的回复是允许他们带两条大战舰和足够的给养回国，使者还带了一封信给荷兰人，说是做生意可以，不允许侵占大明的海岛，不允许伤害大明的子民。
天子还说：“海战毕竟与陆战不同，谁没有父母妻子，狂洋巨澜中叫人去出生入死，就得有个章法。凡因渡海作战阵亡，伤残者一律从优抚恤，要从优一倍。凡阵亡将士遗骨，能带回的带回，实在没法子带回的，列出清单全部进朕御览，勒石驻名！要让将士们知道，为国尽忠，死有名、生有利！”
于是这次参与收复澎湖列岛的将士们都得到了丰厚的赏赐，福建水师士气大涨啊！