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皇帝任命徐兆魁为应天府巡抚，督办南直隶的清丈田亩。
徐兆魁是个七十五岁的老臣了，他的履历算得上是清正廉明，爱民如子。
万历二十年春，徐兆魁巡视居庸关、山海关和雁门关等地，六月巡视湖广。时值粮荒，当地百姓因官府不发救济粮而聚众闹事。他查明此事后，即启奏朝廷，作出恰当处理，平息闹粮事件。
守陵太监孙政诬陷潜江、钟祥两县令，皇帝下令逮捕钟祥县令，免去官职。潜江县令则命抚按逮捕。徐兆魁查明事实真相，即启奏朝廷，说抚按专制一方，没有内臣逮捕人的道理。潜江、钟祥两名县令都是忠臣，不应治罪，两县令才得以赦免。
万历年二十二年，徐兆魁清理了一些冤假错案，救活被冤屈的死囚三十余人，释放被错判充军或徒刑的罪犯六十余人。百姓感其活命之恩，为他建生祠。
万历二十七年，徐兆魁协助考核京城官吏的政绩。大理寺正卿吴定、太常寺少卿傅好礼，因向皇帝进谏而被排斥。徐兆魁主持正义，竭力为之争辩，澄清是非。南康府知府吴宾秀、知县吴一元被太监李道诬陷而遭逮捕。徐兆魁明辩忠奸，尽力为其伸冤。
万历二十七年二月，徐兆魁巡抚应天府，秉公办案，执法甚严，使皇亲国戚的非法行为有所收殓。是年九月，父亲去世，奔丧归里。
徐兆魁为人忠厚老实，仗义疏财，精通经术，有应变之才。他乡居十余年，造福桑梓。曾修改寒溪河道，开塘养鱼，兴建尚书府和徐氏大宗祠。将朝廷赏赐他的钱财，尽数赠予东莞善堂。
万历三十三年徐兆魁任浙江监察御史，巡抚应天府。他获悉广东乡试举人数额较少，便三番四次请求朝廷增加数额。其时，淮安巡抚李三才，舆论对其不满，世人议论纷纷。徐兆魁前后上数十道奏章弹劾他，请求免去他的职务。
万历四十六年，徐兆魁任都察院右佥都御史，巡抚湖广等地，兼提督军务。在任期间操练军马，整顿边防，加强备战，安抚百姓，清理屯田，储备粮饷，革除弊政，搜剿贼盗，并大力兴修水利，赈济灾民。当时仓库空虚，粮食不够供给，朝廷下令按田亩加派粮税。徐兆魁量民间疾苦，要求户部减轻百姓田税。
万历四十八年，徐兆魁升任协院左副都御史不久，升都察院右副都御史。
皇帝很看重的一点是，徐兆魁跟东林党结怨，不会在江南对他们的劣迹网开一面，搞特殊关照。徐兆魁领了旨意对皇帝是千恩万谢感激涕零，没想到年纪大了还能够做一方巡抚，他风风火火的赶到南京上任。
自从燕王朱棣篡了侄儿建文帝的皇位，把个皇城迁到北京。这大明开国皇帝朱元璋钦定的首都南京，便成了留都。但因为明太祖的皇陵在南京，龙脉之所出的安徽凤阳也离南京不远,朱家后代的皇帝，出于对祖宗的尊敬,至少在名分上，还是保留了南京的特殊政治地位。
除了内阁之外，一应的政府机构，如宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、国子监、太常寺、鸿胪寺、六科、行人司、钦天监、太医院、五城兵马司等等，凡北京有的，南京也都保留了一套。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府。
不过，北京政府管的是实事儿，而南京的政府，除了像兵部守备、总督粮储的户部右侍郎、管理后湖黄册的户科给事中这样为数不多的要职之外，大部分官位，都形同虚设。
由于实际的政治权力掌握在北京政府手中，南京的政府官员，大都是仕途失意之人，或者是为了照顾级别，安排来南京当一个“养鸟尚书”或者“莳花御史”。
尽管两府级别一样，但是，同样品级的官员，由北京调往南京就是一种贬谪，由南京调往北京则被视为可喜可贺的升迁。因此，一大批受到排挤或者没有靠山的官员都聚集在南京，尽情享受留都官员的那一份闲情逸致。
对于这些享受闲情逸致的官员，徐兆魁是不会为难的，他要把他的工作重心转向在清丈田亩和查抄海贸走私。本来徐兆魁曾经因为李三才的事和东林党打过长时间的笔战。这回声名显赫的东林党人士要作为重点的查抄对象。此时的东林党并没有时间搭理他，他们正在苏州开东林大会。
本来东林大会是准备在三月末开始，但是连着下了两天的暴雨，使从四面八方聚集到苏州来的东林人士们颇为扫兴。年轻的士子们大部分时间都被困守在各自的客房里，喝闷了酒，睡厌了觉，各种话题也都谈完了，只好百无聊赖地望着灰蒙蒙的天空皱眉头。有人甚至断言，这次盛会必定被这鬼天气弄得黯然失色，兴味索然。
但大会的主办人赵1南星和邹元标非常沉稳，劝说着书院的年轻人不要着急。等到四月初，一抹明亮的曙色出乎意料地从天东头冒了出来，接着，沉默了多日的鸟雀也开始吱吱喳喳地啼鸣着，扑楞楞地上下飞窜。
虽然天幕上还浮荡着薄翳，原野上也依旧水气迷蒙，但是曙色深处，一朵嫣红的朝霞蓦地绽开了。它犹如从天孙的织机上飞出的锦缎，不断地涌现着、堆积着，把璀璨的光华投向高天，投向大地，投向炊烟四起的城市。东林书院年轻的读书人们欢呼雀跃，击掌而歌，纷纷赶到盛会的会场去。
东林大会的会场，就设在虎丘半山的千人石上。
那是一块绿树环抱的天然巨岩，北广南尖，略呈倒三角形。岩面平坦开阔，坐得下上千的人，所以叫千人石。石的北面是生公讲台——说是讲台，其实只是山崖上的一块平地，梁代高僧生公曾在台上宣扬佛法，信徒们列坐于千人石上听讲。
据说这位生公道行着实高深，连冥顽的石头也被他的讲经感化，竟然点头皈依。这一块点头石，现在就立在讲台东侧的白莲池内。暮春方届，还看不到一个花骨朵，只有满池的荷叶在微风中摇摆着，迎着朝阳，一一举起了圆圆的、半透明的绿盖。
在讲台西侧，紧贴千人石，是一道又高又厚的砖墙。当中一个月洞门，门内奇岩耸峙，下俯深潭，那是剑池——当年吴王阖间埋剑的处所。走近一瞧，黑幽幽的潭水隐藏在石壁和灌木的阴影之中，很有几分幽邃，几分神秘。而这儿那儿，波光间或一闪，冷森森，颤巍巍，又使人疑心那是远古倔强的剑魂，不耐禁锢的寂寞，正在潭底挣扎跃动，说不定什么时候便会风雷交迸，破水击空而去……
千人石南端的尖角上，是一道宽阔而平缓的登山石磴，连接山峰的断梁殿和头山门。这石磴到了千人石便分成左右两股，右边一股上通云岩禅寺和虎丘塔，左边则可以直抵剑池和第三泉。
也不知从哪个年代起，这地方就成为四方游人憩息宴饮的场所。每逢花朝月夕，从云岩禅寺到断梁殿，总是士女如云，连袂接席，挨挤不开。这次的东林大会就把会场设在这里。
方圆数亩的千人石上，已经铺开了一排一排的垫席，每张垫席当中，是一个竹制的八角形大食盒，周围摆着壶盏食具。垫席之间的通道上，每隔十来步，就立着一个大肚子酒坛，上面贴着标志酒名的红纸签。阵阵醉人的酒香，正透过启开了的泥封四散飘溢开来。
会场正面的边上，一字排开了五张紫檀木八仙桌。那是贵宾席，每桌六把圈椅，桌上也是碗盏俱全，只是不设食盒。会场的两侧，还临时搭起了两个“诗棚”，棚内陈列着些古董字画，并备有纸砚笔墨，专供有诗瘾的社友兴之所至，即席挥毫。
站在石磴的口子上望，整个会场的布置称得上简朴无华。那些个灯笼、彩球之类的玩艺儿，一概摒弃不用，惟一的装饰是一幅宽一丈、长二丈的白色布幔，从一根斜贯而出的树桠上悬挂下来，上书“东林大会”四个黑色大字，远看近观，都十分庄严醒目。
时候已经不早，会场上东一堆西一群地聚满了等待开席的士子，他们有的围住了远道而来的社友，热心地打听前线新闻；有的挤在诗棚前，命题赋诗，津津有味地品评优劣；还有不少人眼见一时半刻还开不成会，便三五成群地四散开去，或访僧房，或寻古迹，或攀高阁，或俯清流。
在这方圆不过二十丈的小山丘上，一下子聚起了这许多方巾儒服的斯文相公，一个个看上去都从容自信，气宇轩昂，早把那些从城里和四乡赶来进香的小民百姓唬得躲藏不迭，只远远地站着，探头探脑地朝这边观看。