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传教士汤若望与皇帝讲述了小半个时辰的天体运动。穿越者前世在义务教育中学过这门课程，这次算是了解十七世纪科学家对地球运行的思考。
但这个德意志人并不只想跟皇帝聊科学，他是个传教士，他给自己的使命是把基督教带到中国来。
“尊贵的皇帝陛下，我有一幅油画想请陛下一观。”汤若望谦卑地问道。
“又有新鲜玩意儿，拿出来给朕瞧瞧。”
随后，两个太监举着一张油画，走到皇帝的近前展示，朱由校瞪大眼睛仔细地端详这幅画。穿越者在前世见过，这是耶稣的油画像。
画中的那个耶稣，长得高鼻梁，大耳朵，须发蓬松，容貌清癯，头顶上有一轮“圣光”。他左手捧着浑天图，右手雄辩地向前方伸出，嘴巴微微张开，仿佛在热烈地讲述着什么伟大的真知灼见。
大多数明朝人第一次看见耶稣的肖像，使他们惊异的，往往不是这位西方救世主那种咄咄逼人的姿态，而是西洋绘画的准确和逼真。
这当儿，汤若望已经在一旁热心地布起道来。他从亚当和夏娃如何偷吃了伊甸园的禁果，由此繁衍出了有罪的人类说起，一直说到耶稣降生，布道救人，如何被钉死在十字架上，死后三日又如何复活升天等等。说得绘声绘色，煞有介事。穿越者听烦了，发言打断了他：
“贵邦之制作，可谓巧夺天工，贵邦之油画，可谓栩栩如生。真是令朕耳目全新！只不知如此奇技，你们是如何琢磨出来的。”皇帝从传教士口中想了解他们此时的教学方式。
“回陛下，这启迪我们以无穷智慧者，并非血肉之躯的凡夫俗子，乃系慈悲万能的上帝！是上帝教导我们一切，还谕示我们不应将此智慧据为私有，要传授给居处于世界之上、哪怕最遥远地域的人民！”汤若望虔诚地说道。
“那么，朕问你，你远涉重洋，长驱万里，来游中国，其意也在此吗？”
“正是。皆因我辈俱系天生之罪人，我们的灵魂都沾满邪恶与不洁。惟有慈悲万能之上帝能够拯救我们！”
听了这话，穿越者一阵的犯恶心，跟这种狂热的信徒辩论，是很浪费时间的。不过，朱由校也钦佩他的信仰坚定不变，敢于穿越大洋，来到东方为白人殖民主义的全球化做马前卒。
看见皇帝犹豫的表情，汤若望继续请求道：“陛下，请允许我们在大明传教。”
朱由校想和欧洲的这些传教士合作，共同研究科学的发展。但让基督教在大明风行，朱由校还真是不敢。
统治者受匪人蒙蔽，倚若臂膀，视为心腹，这种情况历史上固然有，但并不太多。多数的情况是他也看得出这个人很成问题，但要利用他的能力，盲目自信，在自己控制下使用他，不怕他出什么花样。
另一种情况是，明知其人心术不端，但形势格局，已形成一种非让他在台上不可的既成事实，统治者即使心中反感，也没有把他撵下去的自由。
以上两种情况虽有主被动之分，但听任坏人当道，为他本人及其政权造成损失，其结果则相同。
这种复杂高深的用人哲学，很多君主要在他失国、失去了用人的自由选择权以后才有体会。在他们在位期间，也是糊里糊涂地把匪人放到重要的位置上。这说明了另一条政治原则，叫做“当局者迷”。
今天，朱由校遇到的情况也如是一样，让基督教进来可能会导致严重的后果。皇帝想利用传教士沟通东西方的科学交流，就也会面对他们宗教势力的渗透。朱由校真的有这个自信，不致玩火自焚吗？
皇帝对汤若望的请求严肃地表达了拒绝，不允许他们公开向大明百姓传教。
但汤若望不是个轻易认输的人，他知道皇帝担心基督教会影响到他的统治地位，他开始拿佛教说事，根据他这几年在大明的游历，痛批佛教的不好，以此来对比论证基督教的无害。
汤若望确实说了很多实情：寺观僧侣动至千百，求财索食，沿街塞路；张挂天神佛像，擅言祸福；以盖寺观为名，务图肥己；饮食酒肉，夜宿娼妓，无所不为。
朱由校也不喜欢佛教，就比如说“般若波罗蜜”这句梵语，它的‘般若’意思是智慧，‘波罗蜜’意思是到彼岸。一般前面还有两个字，曰：‘金刚’，意思是坚利。这句话总意为坚忍不拔，用智慧到达彼岸。
在佛家解释中，‘此岸’是众生灵作孽受苦、生死轮回之地，‘彼岸’是清净安乐之地。
这都完全是虚无缥缈的东西，清净安乐之地又是什么样子？要穿衣吃饭吗？要住宿游玩吗？如果要穿衣吃饭，谁去种地？在安乐之处种地难道不辛苦劳作？是不是种地之人又回到此岸？
朝廷里的正统儒家弟子认为儒家与佛、释二家最根本不同之处是经世的社会责任。儒家治国平天下的社会责任谁能否认？小德川流，仁义礼智教百姓，犹如川流之水滋润着天下万物；大德敦化，是由经过系统教育、严格筛选的社会精英，来治国平天下。小德川流、大德敦化，则国家兴！哪里又是什么三教合一？
皇帝不喜欢佛教，但架不住一堆上香拜佛的老百姓真信这些东西。朱由校不可能把寺院关闭，把僧人全都赶去劳动的！而基督教则不同，从风格上没有佛教温和，历史上制造了许多流血的冲突。
饶是汤若望把佛教的缺点说尽，基督教的优点说全，朱由校的态度是坚决的，不允许他们公开传教。但是允许他们居住在教堂，和大明数理院进行学术交流。
离开紫禁城的汤若望回到了数理院继续工作，他并没有放弃说服皇帝。他打算先用先进的科学知识征服大明人，和儒家士大夫合作，以耶稣合儒、补儒、益儒，直至超儒！