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在露琪亚将被处刑的早上，护廷十三队众人怀着不同的心情前往刑场。而剑八为了和一护再战与织姬同行，救出茶渡、石田和岩鹫后四处寻找一护，在这途中遇到七番队队长狛村和九番队队长东仙的阻拦，话不投机便刀剑相向，虽然剑八以骁勇善战著称，但面对两个队长的挑战他还能全身而退吗？露琪亚即将被处刑，但一护此时还没有学会卍解。
完成卍解的恋次向刑场赶去，为了救出露琪亚他必须打败眼前的队长朽木白哉，白哉对恋次的进步很吃惊但还是从容以对，恋次顺势使出卍解“狒狒王蛇尾丸”与白哉激烈的对战着，但在白哉使出卍解“千本樱景严”后一切化为泡影，随着千本樱的飘落恋次倒在血泊中，虽然明白了自己与白哉之间不可逾越的差距，但还是站了起来。
市丸银突然出现在押送露琪亚前往刑场的途中，本以为自己已经舍弃希望没有留恋的露琪亚，在听到市丸银的几句戏语后，之前所做的觉悟马上崩溃了。剑八与东仙、狛村两人的战斗人在继续，东仙虽然使出可以让人失去感官的卍解“阎魔蟋蟀”，但面对内心不会有半点恐惧的剑八还是败下阵来，这时被激怒的狛村也使出了卍解。
露琪亚的处刑终于开始，不知是总队长的承诺还是白哉的出现，露琪亚被市丸银扰乱的心渐渐平静下来，随着刑架缓缓上升，露琪亚回想着过去，不再有丝毫的犹豫，面对被解放的双殛“毁鷇王”缓缓的闭上了眼睛。当再次睁开眼睛时看到的竟是挡在双殛前面的一护，见到赶来的一护，内心百感交集，就在露琪亚斥责一护时双殛开始了第二次的攻击。
一护与白哉的战斗一触即发，而京乐春水和浮竹十四郎因为联手破坏双殛也被视为叛徒，当浮竹想要救被碎蜂打到的部下时却遭到总队长元柳斋的阻止，京乐见状带着浮竹逃离总队长身边寻找不会波及到别人的地方，京乐和浮竹是元柳斋创立学院后最先当上队长的学生，优秀的两人一直是元柳斋的骄傲，但现在师徒之间却要刀剑相向。
面对元柳斋那可以把一切化为灰烬的“流刃若火”，京乐和浮竹丝毫不敢怠慢，解放了尸魂界唯有的两把成对的斩魄刀“花天狂骨”和“双鱼理”与之应战。而夜一与碎蜂的战斗也在进行着，二番队队长兼隐秘机动总司令和刑军军团长的碎蜂为了证明自己超越了夜一，超越了这个抛弃隐秘机动和刑军的前任军团长，向夜一发动了超速的攻势。
使出瞬开的夜一将碎蜂的攻击一一化解，本以为超越夜一的碎蜂回想起了以前的时光，那时的自己是多么崇拜夜一并约定永远守护在她的身旁，但是夜一的不告而别让碎蜂接受不了，想起这些碎蜂痛哭了起来。一护和白哉的战斗还在继续，决心打败白哉的一护示意对方卍解，但白哉毫不理会一护的挑衅，这时一道斩击吹散千本樱直冲天际。
擦过身边的“月牙天冲”使白哉改变了想法，顺着一护的要求使出卍解“千本樱景严”，化作将近亿把的刀刃如樱花般在空中飘舞，借此做出无死角的全方位攻击。一经交手实力的差距便很明显，一护为了与之抗衡跟着使出卍解，强大的灵压释放过后，散尽的尘烟中屹立着身穿黑色红里长袍手持“天锁斩月”的一护。
在“天锁斩月”的攻势下白哉承认了一护的实力，舍弃防御使出了“歼景”，四散的刀刃固定成刀的形状，把一护和自己围在这千把利刃之中。在两人激烈的战斗中，一护渐渐处于劣势，之前不停的战斗和旧伤的积累使他的身体到达极限，就在一护被逼入绝境时身体起了异变，另一个声音从身体里发了出来。
日番谷被眼前的景象惊呆了，作为尸魂界最高司法机关的中央四十六室内一片狼藉，所属四十六名成员全被杀害，日番谷根据死亡时间推断，近期所下达的决定全部都是假的。在日番谷去追突然出现在议事堂的吉良期间，市丸银带着雏森来到四十六室居住的清净塔居林，在哪里等着她的竟然是蓝染，她那尊敬的队长，而隐藏在这温馨相遇背后的竟是绝望的现实。
双殛之丘上，叛离的三人汇合，连露琪亚和恋次也被强迫转移至此。四番队队长卯之花命了副官勇音用鬼道搜索蓝染等人的位置，并通知所有队长、副队长以及一护等人事情的真相，瀞灵廷内一片哗然。在蓝染逼迫恋次交出露琪亚时一护赶来，两人合力使出的全力攻击竟被蓝染轻易挡下，蓝染向无力反抗的众人诉说着自己可怕的野心。
击败赶来的狛村之后，蓝染取走了露琪亚体内的崩玉，虽然可以蒸发掉魂魄的双殛已被毁坏，但他还是找到了其他的方法。白哉救出露琪亚后，空鹤、夜一连同护庭十三队的大多队长及副官一起出现，把三人团团围住，面对着尸魂界最强的死神军团，本该气数已尽的三人却被强光笼罩，撕裂的天空里冒出多头大虚，用反膜将三人救走。
蓝染三人的离开，使尸魂界恢复了暂时的和平，人们都怀着不同的心情。一护和织姬在空鹤哪里找到前去道歉的露琪亚，明天就是回到现世的日子，露琪亚决定留在尸魂界，一护很尊重露琪亚的选择。接过浮竹队长送来的代理死神战斗许可证，一护和同伴们踏入穿界门，回到现世后同伴们各自回家，站在自己家的门口的一护如释重负。
回到现世后一护生活恢复了正常，开学的第一天，恋次穿着60年代的衣服在教学楼下叫嚣，原来这次是恋次被派遣来管辖空座町。织姬与茶渡觉得这次的尸魂界之旅自己没有帮上忙各自开始训练，而石田也有自己的打算。夜一感觉到有一股奇怪的气息，这些许混乱的灵子到底隐藏这什么？这时，众人感到织姬的身边存在危险。
织姬就在一护等人的面前被带进奇怪的门内，更不可思议的是同学们对织姬的记忆也都被消除了。为了救回织姬四人一起来到织姬的家中调查，这时恋次的传令神机接到电话，为了救出织姬四人被迫参加游戏，被耍的团团转的众人按照指示来到浦原商店，浦原和夜一决定帮助他们调查，而他们应约来到织姬家时茶渡也被掳走。
为了救出被掳走的织姬和茶渡，一护等人来到了相约的空座博物馆，踏入馆内后被困在了不可思议的迷宫中，在迷宫里不光空间是扭曲的，还存在许多陷阱，就在一护与恋次因为意见不合发生争吵时，石田看出了破绽。虽然破解了迷宫但对方仍然不肯罢休，企图掳走石田时，触碰到了藏在石田手里的一护的死神代理证，果真与石田想的一样，敌人是改造魂魄。
虽然救出了茶渡和织姬，但改造魂魄们又以让学校里的同学消失来威胁一护他们继续游戏，而游戏的内容是找出他们五人当中的冒牌货。龙贵第一个消失后，他们便开始互相猜疑，随着同学们的相继消失，时间已经所剩无几，但他们却还没有一点眉目。另一方面，尸魂界关闭所有与现世连接的大门，碎蜂与夜一在现实不知匆忙的调查这什么。
虽然一护他们胜出了，但是游戏还是没完没了的进行，又是让他们三十分钟破坏门，又是在五分钟之内救出茶渡，在救出茶渡后一护终于知道了改造魂魄三人的真相，这一切原来是浦原为了让一护等人发现自己的力量而策划的。与此同时，夜一连同尸魂界的调查有了结果，他们面临的真正敌人是吸食活人魂魄的灵魂狩猎者。
灵魂狩猎者虽然和灭却师一样是具有特殊灵力的人类，但却可以借由吸食魂魄得以永生，本该只吸食死人魂魄的他们现在却把目标转向活人。莉铃藏人和芝芭三人为了支援一护等人而藏身与布娃娃之中，并且依靠他们的探测能力发现了灵魂狩猎者，一护和莉铃一起去追正想吸食魂魄的灵魂狩猎者时，茶渡和织姬又发现了新的受害者。
赶来营救一护的竟然是露琪亚，但是对芳野能力一无所知的他们还是陷入了苦战，直到另一个灵魂狩猎者宇田川出现带走了芳野。突然接到命令的露琪亚又与众人相遇，但是在空座町就聚集了三位死神，看来这件事情非同小可。大家一起到一护家里商量该如何应对，而第二天正在大家一起吃午饭时，莉铃他们又探测到了灵魂狩猎者。