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基于某些原因，上条带著茵蒂克丝及两名同班同学前往速食店。由于店里客满，他们只好与别人共桌，与他们共桌的则是一名自称“魔法师”的巫女。身上的钱不够搭电车的她，后来与身穿西装的补习班老师们离去。经过这次奇妙的邂逅之后，史提尔．马格努斯出现在上条的面前。
被囚禁于三泽塾的少女名为姬神秋沙，她正是上条在速食店遇见的少女。与史提尔入侵三泽塾之后，上条看见一具身穿铠甲的尸体——罗马正教十三骑士团的遗骸，然而学生们丝毫不以为意。史提尔表示这就像是硬币的表里，因为结界的关系，位于硬币表面的学生们，不会察觉到位于硬币背面的外敌，而且如果要破坏结界，就必须破坏魔法的“核心”。
姬神能吸引吸血鬼，奥雷欧斯需要吸血鬼的力量，这就是姬神与奥雷欧斯共同行动的理由。另一方面，茵蒂克丝追著上条来到三泽塾，却落入奥雷欧斯的手中。上条与史提尔好不容易找出奥雷欧斯的所在处，然而他们在那里看见的，却是熟睡的茵蒂克丝。此时史提尔说出了奥雷欧斯追求力量的理由。得知自己的目的完全付诸流水之后，奥雷欧斯对上条等人露出利牙。面对能将言语化为现实的“黄金炼成”，上条以右手为武器对抗奥雷欧斯。
由于被卷入茵蒂克丝的事件，上条没有去参加暑修，因此即使现在是八月下旬，他依然每天要过著补习的生活。在放学回家的途中，自动贩卖机吃钱的不幸再度降临到他的身上，此时就读常盤台中学的放电国中生御坂美琴出现了。她使出的“秘技”弄坏了贩卖机，两人只好赶快逃离现场，然而他们面前出现了一名戴著军用护目镜，自称是美琴妹妹的少女“御坂”。
上条带著捡到的黑猫，与御坂前往中古书店寻找养猫相关的书籍。买完书走出店门口一看，外头只剩下受到惊吓的黑猫，御坂则是不见踪影。觉得状况不对劲的上条，在小巷子里发现了倒在血泊之中，身穿常盤台中学制服的少女──御坂妹。
御坂表示自己是美琴的复制人，负责在“实验”里担任被杀的角色。为了确认这些“妹妹们”与这个“实验”的真相，上条前往美琴的住处，并且得知美琴被卷入的事件内容，因而连忙外出寻找美琴。御坂们所进行的实验，是要让学园都市最强的LV5超能力者“一方通行”进化到前所未有的LV6。御坂们之所以会被量产成为牺牲品，是因为美琴曾经提供自己的基因做研究。
打算牺牲自己拯救“妹妹们”的美琴，毫不留情朝著挡路的上条使出雷击，然而上条完全没有使用右手的意思。美琴询问他为何要不惜这麼做，上条则是说出了一个令人意外的想法。如果要阻止实验的进行，只要将“一方通行是最强超能力者”这个实验的大前提推翻就行了。
上条在御坂九死一生的时候赶到，面对“一方通行”的强劲实力，上条被逼著只能防守。然而上条反射性挥出去的“右手”，却打中了“一方通行”的脸。由于拥有压倒性的强劲，因此“一方通行”至今从来没有经历过近身肉搏战，就这麼被上条的右拳痛殴。
身为LV0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。明明没有身分证，却不知为何可以顺利离开学园都市的茵蒂克丝，就这麼和上条一起来到了理事会安排的温泉旅馆“海神”，小萌老师也好意安排上条的家人与他会面。隔天早上，上条的父亲刀夜等人抵达旅馆……然而母亲诗菜却是茵蒂克丝，表妹乙姬则是美琴？