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陵越和屠苏逼问黑曜，得出假巽芳是雷严手下。屠苏告诉少恭，少恭只说不信。这时假巽芳与玉横一起失踪，元勿前来传话，说雷严把巽芳和玉横都带进了秦始皇陵，借助陵墓中的明月珠来修复玉横，让欧阳少恭一个人前去赴约。众人当然不会让少恭独自前往，就连被禁止外出的兰生都偷偷在半路与大家相会。一行人来到秦始皇陵，青玉坛弟子立刻围攻，千觞留下断后，让其余人进去。刚进皇陵不久，少恭又被一道机关关在门外，与众人兵分两路。穿过兵马俑队伍的时候，兵马俑纷纷复活，陵越持剑抵挡，让其他人继续前进。
单独行动的少恭率先来到了秦始皇的藏书室，那些古卷却都在他一碰之下化为飞灰。借助烛龙之鳞，少恭看到秦始皇穷尽天下物力寻长生而不得，明白以个人之力要想达成起死回生更是不可能。元勿带领少恭直接走到皇陵深处，见到了雷严。雷严希望少恭用完整玉横炼丹，让他拥有无穷力量，像秦始皇一样称霸天下。另一边，屠苏等人遇到了拦路的剑灵，红玉拔剑与他交战，屠苏、晴雪、兰生三人进入下一关。下一关是死去的工匠和殉葬奴仆的怨灵，晴雪留下来阻拦怨灵，屠苏与兰生进入最后的关卡。
兰生在最后一关误触机关，险些被箭射死，幸好屠苏及时将他拉开。兰生经过仔细分析，决定自己拉住机关不放，由屠苏进去打倒雷严。这时少恭炼制的丹药已成，雷严大笑着拿走丹药。屠苏赶到，认出这疯狂的笑声正是当初屠杀乌蒙灵谷的鬼面人，雷严也大方承认当初为了夺焚寂剑屠村的事实。屠苏打败雷严，雷严仓惶逃走，屠苏解开皇陵中所有机关，一路上失散的队友们终于重新汇聚。然而雷严并没有认输，他服下丹药，化为刀剑不入的妖魔，屠苏不得不激发煞气将他杀死，雷严死前却语焉不详的告诉少恭，他要找的人就在身边，而他所求永远不会有结果。离开秦始皇陵，深知起死回生只是镜花水月的少恭变得有些暴躁，先是彻底拒绝了如沁，又对兰生和晴雪的询问报以毫无耐心地反驳，催促屠苏快些动身寻找复活药的关键药材月灵花。
晴雪不顾屠苏反对，坚持跟着他去同城，准备出海寻药。幽都婆婆见三番五次催促晴雪带屠苏回幽都无果，直接派出长老们来抓人，晴雪与长老们大打出手，受了内伤。屠苏见晴雪没有跟来，以为她终于放弃，心中对她不必跟着自己涉险感到欣慰，却不知晴雪是受伤昏迷。晴雪被暗中跟来的黑曜救下，黑曜到处买药终于被屠苏察觉。屠苏知道晴雪病重非常心疼，向无所不知的姚老板求助，姚老板说只有灵力无边的宝物或妖的内丹才能救晴雪，屠苏把晴雪交给黑曜照顾，自己出门寻找妖怪内丹。
屠苏在路上偶然发现结界，与结界一起被发现的还有一个迷路的女子仇馨蕊。仇馨蕊要屠苏帮她找到走散的心上人，并提出一定会重金酬谢，想着拿到钱就可以给晴雪治病，屠苏答应护送她去找人。两人一路交谈，原来仇馨蕊是柳州一对江湖侠客的女儿，父母在行路中遭遇暗算，被一伙蒙面人所杀，而她却被一名叫卓云飞的侠客所救。馨蕊对卓大哥芳心暗许，可卓大哥在安葬了她父母后就消失了，守完孝的馨蕊决定主动去找卓大哥表明心意。与此同时，在江都，兰生又缠着陵越学法术，陵越话中有话地告诉他要早些长大别再胡闹，兰生却没有听进去。屠苏终于护送仇馨蕊找到了卓云飞，卓云飞却不接受她的心意，仇馨蕊一急之下竟然谎称屠苏是她未婚夫。
屠苏帮仇馨蕊试探卓云飞的心意，卓云飞终于承认自己是爱仇馨蕊的，只是他身为血露薇的杀手，不想让仇馨蕊卷入血雨腥风。仇馨蕊表示自己不怕，两人终于互相接受了心意。然而就在当晚，仇馨蕊发现卓云飞身上的纹身与杀害自己父母的人一模一样，她终于明白卓云飞就是当初揭榜杀害自己父母的凶手，而当年他不忍对无辜的馨蕊下手，背叛组织救下了她。父母之仇不可不报，仇馨蕊在卓云飞的饮食中下了毒。卓云飞刚刚毒发，血露薇组织的杀手找上门来，要杀死当年的漏网之鱼仇馨蕊。卓云飞刺伤了血露薇的首领，自己也毒发身亡，死在仇馨蕊怀中。仇馨蕊父母之仇已报，剩下的便是深爱卓云飞之情，于是也喝下毒药随他而去，两不相负。屠苏想阻拦已经来不及，经历了这一切的屠苏受到了很大的触动，他决定要珍惜眼前人、珍惜晴雪。
为了确认自己的身世，兰生再次向少恭借来烛龙之鳞，看到了自己小时候被方太大师收养的经历，联想到与陵越之间的种种，越发坚信陵越就是自己的亲哥哥。兰生找到陵越问他真相，陵越却并不与他相认。如沁催促兰生回琴川，兰生出言顶撞，如沁这才明白他已经知道了自己的身世，伤心之余却不勉强兰生做出决定，独自回了琴川。这时在同城，夔牛族少年延枚被大妖怪的抓走，他的义兄向天笑找到屠苏求助，屠苏发现抓走延枚的是一只章鱼精。经过一番战斗，屠苏将章鱼精斩于剑下，还得到了它的内丹，治好了晴雪。为表报答，向天笑答应借船给屠苏出海。而与此同时，少恭回到青玉坛，取代死去的雷严成为新任坛主。