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宦官田令孜因陪同唐僖宗出走蜀地，因而受到恩宠，他逼走都统王铎，也奏请罢免副都统崔安潜，让崔安潜转任为东都留守。
田令孜又拉拢身边的人和大臣们，散发家中资财犒赏有功的官军，实际上是在暗中鼓动宰相及藩镇上奏推荐他担任要职。在众人的举荐下，唐僖宗果然任命田令孜为神策十军兼南牙十二卫观军容使，他因此掌握了禁军的大权。
罢免了王铎的都统之职，围剿农民军的重任就落在李克用的身上。
883年二月十五日，李克用行使行营都统之职，率沙陀军进驻到大荔县西南的乾坑(阬)，与河中军的王重荣、忠武军的周岌、易定军的王处存等军队集结在此。
朝廷的官军还不止这些，还有同州的朱温、邠宁节度使朱玫、凤翔行营招讨使李昌言、延州刺史李孝恭、鄜坊节度留后东方逵（保大军）、陕州观察使王重盈等军队，也驻扎在长安四周。
而黄巢的一部分主力军驻扎在华县西三十里的梁田陂，与乾坑相距并不远，双方都虎视眈眈，大战一触即发。
两军都厉兵秣马，积极备战。黄巢也做了部署，他派赵璋、尚让带领一支军驻扎在梁田陂的右边，王璠、林言带领一支军驻扎在梁田陂的左边，准备与唐军决一死战。
李克用到达乾坑的第二天（二月十六日），双方立即展开大战，官军分成很多营，以人数优势分割包抄农民军。农民军左冲右突，寻找官军的薄弱环节攻击，两军你来我往，在混战中从一个大战场形成了很多小战场，但官军还是占了优势。
这场大战从中午一直持续到傍晚，最终，在李克用沙陀骑兵的冲击下，农民军遭受惨败，全面溃退，被杀和被俘的农民军达五万人，双方军士的尸体丢弃在三十里长的道路上。
黄巢并没有灰心，随后，他又派大将王播、黄思鄴、黄揆袭击华州，华州刺史王遇知道不是对手，于是弃城逃跑，黄揆等又占领华州。
华州是长安的东大门，地位向来重要，李克用岂肯放弃。二月二十七日，李克用率军围攻华州，黄思邺、黄揆据城坚守，顽强抵抗，同时派人向黄巢请求增援。
李克用一方面围困华州，又分出一支骑兵屯驻在渭水河以北。
这时的华州，几乎是黄巢大齐政权除长安城之外唯一控制的城镇，必须要去救。除此之外，而黄巢也不得不思考更远的问题。
“尚丞相，李贼势力强大，我大齐军队常受挫折，现在粮草也缺乏，如此下去，长安城难以守住啊!”黄巢对尚让说道。
“陛下，我军已多次绝处逢生，自古天无绝人之路，吉人自有天相，我们还有二十余万军队，需要从长计议，就算丢弃长安，我们也可以另谋他处，官军的威势只是暂时的。”尚让回答说。
此时，黄巢的脑海中已经在思考来时走过的路了，他决定先下手为强，做最坏的打算。黄巢派遣三万军队南出长安，先扼守住蓝田这条向南出走的要道，为大齐留一条后路。
三月六日，黄巢决定派尚让率军救援华州，尚让带领几万人东进华州，刚走到零口镇（陕西临潼东），就被李克用、王重荣的联军截住。
道路被堵，尚让只得指挥军队向官军发起冲击，但官军早已严阵以待，万箭齐发，农民军只好后撤，官军趁势反击。农民军的阵脚已乱，再次大败，向长安方向撤退，华州救援失败。
李克用很懂兵法，他率军趁机到达长安东北的要冲——渭桥（西安北郊），这里距离长安城已不远。官军的骑兵部署在渭北防守。
梁田陂之战、零口之战，是关系到大齐政权是否能继续在长安立足的关键性战役，但都以大齐军队的惨败而告终。
自此，官军的优势更加明显。李克用为了制造紧张气氛，还连续多日在夜间派将领薛志勤、康君立偷偷进入长安城，焚烧农民军的财物，肆扰农民军的人马，然后再退出城，使城内惊慌恐惧
由于农民军救援华州失败，华州的防守更加困难。三月二十七日，在唐军的强大攻势下，黄邺为了保存实力，弃城逃走，华州再次落入唐军之手。
李克用胜券在握，主动发起进攻，他带领忠武军的将领庞从、河中军的将领白志迁等人先行进军，在渭南县与黄巢的军队展开激战，一天交战三次，官军都战胜了农民军。
很快，义成军、义武军等都相继赶到，官军主力正在逼近长安城，黄巢的军队难以有效抵挡，撤离长安已是必然。
官军猛烈攻城，城内的守军人心惶惶，防守很难做到严密了。山雨欲来风满楼，大齐政权很快将要倾倒。
四月初八，李克用率领军队从光泰门杀入长安城，黄巢的军队在城内顽强抵抗，随时展开了巷战，但大批的官军一波接着一波向城里涌入。
官军很快逼近内城，黄巢果断下令全面撤退，否则将重蹈此前程宗楚被杀的覆辙。临走前，黄巢要求放火焚烧宫殿，不要把这些留给官军。
官军进城后烧杀抢掠，长安城内的房屋和百姓所剩无几，官军的凶狠超过此前农民军对城内百姓的杀戮。
黄巢带领十五万人退出长安城，往南撤退，与此前已在蓝田县扼守的军队会合，然后进入商山。没来得及撤出长安的家属都被官军所杀。
李克用命令各军展开追击，农民军为了便于撤退，沿途故意丢弃很多珍宝和财物，官军争相拾取，延误了追击时间。农民军一直奔走不停，撤出关中地区，按计划进入河南境内。
官军收复了长安，这对朝廷来说是天大的喜讯，杨复光马上派遣使臣到成都向唐僖宗报捷，朝中百官得知消息，都向皇上祝贺。
唐僖宗想到昔日的逃难经历，得知长安收复，禁不住双眼流泪，马上请宰相们拟诏，他要赏赐这些打仗的“功臣”。
当然，他高兴的还有点早，逃难对他的皇家来说，可能还要继续、再继续……。
很快，朝廷诏令来到，由大明宫留守王徽、京畿制置使田从异留守长安，忠武军等二万人护卫长安，其余各军队各回原镇。
五月，朝廷加封李克用、朱玫、东方逵同平章事（宰相级）。升陕州为节度使，以王重盈担任节度。在延州（延安市）建立保塞军，以保大军的行军司马、延州刺史李孝恭为节度使。。
当时，李克用只有28岁，在这些主帅中年龄最小，但击破黄巢、收复长安，却是他的功劳排第一位。由于他的兵力最强，其他诸将都害怕他。但李克用的一支眼睛却是瞎的，人们背后称呼他为“独眼龙”。
崔璆（qiú）曾经是朝廷的大臣，但却投靠了黄巢，并在大齐担任宰相级别的官员。收复长安后，朝廷下诏谴责他：“家贵身显，却为黄巢担任三年宰相，罪不可赦。”但崔璆不逃也不躲，就在家等着，最终被赐死在家中。