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但李茂贞得寸进尺，依然不解除对长安的军事威胁，还是要求杀掉杜让能，他们才能返回凤翔。
宰相崔昭纬暗地里勾结李茂贞，不断给唐昭宗煽风点火，施加压力。唐昭宗无奈，只好赐令杜让能自杀，连同他的弟弟、户部侍郎杜弘徽也赐死。
朝廷还不忘给杜让能安一个罪名，说杜让能推荐的人不忠心，完全凭自己的喜好来推荐人，还说他买官卖官，搜刮很多钱财。
经过这一次兵变，朝廷更加忌惮邠州、岐州，朝廷官员和宦官很多都主动依附李茂贞、王行瑜。朝廷处理政务如果不符合李茂贞、王行瑜的意思，他们就上表指责，态度恶劣。
朝廷让李茂贞依然担任凤翔节度使，再兼山南西道节度使、守中书令。这样一来，凤翔、兴元、洋州、陇州、秦州等十五州之地，都归李茂贞所有。
而此前任命的凤翔节度使徐彦若，中途返回朝廷，改任为御史大夫。
唐昭宗又任命东都留守韦昭度为司徒、门下侍郎、同平章事。
御史中丞崔胤此时也被任命为户部侍郎、同平章事。此二人都成为宰相级别。
这崔胤家族显赫，他的爷爷崔从担任过唐文宗时期的左仆射（宰相级），他的父亲崔慎由担任过同中书门下平章事（宰相级），他的叔叔崔安潜也担任过检校司徒同平章事（宰相级）。
但这个崔胤内心阴险，工于心计，又善于阿谀奉承，他巴结崔昭纬，因此被推荐为宰相。他受父亲的影响，深恨宦官，后来他与朱温走的很近，想依靠朱温掉除宦官。他也因此屡次被罢官，均因朱温的支持东山再起，先后四次官拜宰相，当时人们称他为“崔四人”。
凤翔的李茂贞、邠宁的王行瑜对抗朝廷大获全胜，李茂贞获得了地盘，而邠宁节度使兼中书令王行瑜也请求封自己为尚书令。
宰相韦昭度对唐昭宗说：“唐太宗（李世民）以尚书令的职务执政，登皇上大位，从此以后没有再用此官职授给大臣。只有郭子仪以平定安史之乱的大功拜为尚书令，但他终身不接受。王行瑜怎么能索要此官职。”
唐昭宗认为有理，最终只授予王行瑜为太师，赐号尚父，仍赐免死铁券。
到了894年正月，李茂贞入朝时，竟然还带了很多卫兵前来，气焰很嚣张，数日后才回凤翔。
李存孝与养父李克用反目成仇后，自893年以来，李存信率领河东军一直把李存孝围困在邢州城内。
李存孝也在找机会反击，曾在夜晚偷袭李存信的营寨，俘获辽奉诚军使孙考老。李克用大怒，亲自引兵抵近攻打邢州，掘壕沟、修筑营寨，隔断邢州与外界的联系。
李存孝经常出兵袭击，致使壕沟难于顺利推进。河东军的牙将袁奉韬秘密派人劝李存孝说：“大王（李克用）待壕沟修成后就会回到晋阳，你忌惮的只有大王，诸将都不是你的对手。大王回去后，这几尺宽的壕沟，怎能阻挡你！”
李存孝认为是这样的，于是就按兵不动，不再四处袭扰城外的河东军。十几天后，壕沟与营寨就修成了，李存孝彻底被困在城内了，一筹莫展。
到了894年三月，邢州城内粮食吃完，李存孝没办法了，他登上城楼对围困他的李克用哭诉：“不是我想反对父亲，是由于李存信诬陷我不忠心，才导致今天这个局面，我不想再打了”。
李克用的夫人刘氏入邢州城，劝说养子李存孝，并要他向养父请罪。李存孝答应出城，向李克用当面请罪。
李克用拿着李存孝写给朱温、王镕的信怒斥：“这也是李存信逼你干的吗？”于是，李克用囚禁了李存孝，率兵回到晋阳，声称要把李存孝车裂处死。
李存孝有“三国吕布”的称号，李克用很爱惜李存孝的勇猛，估计会有人为李存孝求情，然后就可以顺水推舟释放李存孝。
但没想到的是，军中的将领都嫉妒李存孝的勇敢无敌，竟然没有一个人出面求情。李克用只得将李存孝车裂处死，自己为此也很悲伤（李存孝的墓在太原晋源区风峪沟的太山，他还成为当地山神）。李克用上表奏请马师素为邢州节度使
不久，昭义节度使康君立到晋阳拜见李克用，诸将们聚在一起尽情饮酒。当李克用谈起李存孝时，他也禁不住流泪。
康君立因平时与李存信比较亲近，对李存孝之死不以为然，不小心说了一句话惹怒李克用，李克用拔出剑就砍向康君立，并把他囚禁在马步司。（后来，李用克下令释放康君立，可是康君立已经死了。李克用就上表奏请求任命云州刺史薛志诚担任昭义军留后。）
这年六月，李克用又率军报复吐谷浑部，杀死其酋长赫连铎（赫连铎长期反对李克用），擒获另一个酋长白义诚，平定了吐谷浑部落。
而杨复恭的反叛也有了结果，894年七月，李茂贞派兵攻打阆州（四川南充的阆中县），杨复恭与养子躲避在这里。很快，阆州被攻破，杨复恭、杨守亮、杨守信等人突围逃走。
杨氏一行准备从商山逃往河东投靠李克用，但到达商州的乾元县时，遇到华州韩建的军队，杨氏一行都成为俘虏。
华州节度使韩建把杨复恭、杨守亮、杨守信父子三人送交朝廷，全部被斩杀。
而杨复恭的另一个养子、绵州刺史杨守厚病死了，他的部将常再荣献城投降了西川节度使王建。
杨复恭此前写给义侄子杨守亮的书信（杨守亮实际上是杨复恭的哥哥杨复光的养子），被李茂贞获得，李茂贞把这封信献给唐昭宗。。
杨复恭信上告诉山南西道节度使杨守亮说：“唐朝的江山是承袭隋朝的旧业，你只管存积粮食、训练军士，不要向朝廷进贡。我当初拥立寿王继承皇位，但皇帝却解除了我这个元老，如此忘恩负义的人怎能做天子！”
这个杨守亮身长七尺多，脸色如铁，人称“南山一丈黑”。他本名叫訾（zī）亮，当初与弟弟訾信一起追随王仙芝起义，王仙芝在黄梅县战败而死后，此兄弟二人投靠起义军将领徐唐莒（jǔ），转战在江西洪州、饶州一带。宦官杨复光平定江西后，訾亮投降，被杨复光收为义子，改姓名为杨守亮。而訾信则成为杨复恭的义子，改名杨守信。当黄巢占领长安时，杨守亮救助了许多士大夫，帮助他们逃往皇帝的避难地，所以长安人都感激他。